台灣與巴布亞紐幾內亞建交金遭侵吞案持續升高，外界多只聚焦於失聯的外交掮客金紀玖與扁團隊的關係；黯然下台的前行政院長邱義仁、前外交部長黃志芳等是否涉案，以及總統陳水扁究竟知不知情，阿扁在此時應不應該主動退出民進黨等，但卻鮮少人去注意台巴建交發生當時的時空因素。
三決定一決心 宣示權力下放
回顧當時時空背景，在二○○五年八月高捷外勞弊案爆發後，由於時任總統府副秘書長陳哲男被指控接受廠商招待出國，第一家庭和總統府的清廉在部分居心叵測媒體無限上綱報導下開始遭到質疑。國民黨籍立委邱毅更時常在缺乏具體證據下，以亂槍打鳥方式，不斷爆料有關總統府及第一家庭的弊案和醜聞；目的就是要拉下扁政府，毀滅扁政府威信。
二○○六年四、五月間，在藍營立委李全教、邱毅加上媒體接力爆料下，陸續傳出總統夫人吳淑珍被控收受SOGO百貨公司禮券並介入該公司經營權之爭、炒作股票、陳水扁女婿趙建銘涉及的台灣土地開發內線交易案等，陳水扁聲望不斷下跌。
時間來到二○○六年五月三十一日晚間八時三十分，當時飽受壓力的陳水扁邀集副總統呂秀蓮、行政院長蘇貞昌、民進黨主席游錫堃、總統府祕書長陳唐山、副祕書長卓榮泰、國安會祕書長邱義仁、立院黨團總召柯建銘等黨政高層召開會議，宣示「三個決定」和「一個決心」，即「自清」、「革新」、「權力下放」、「說到做到、堅持到底」。
陳水扁同時決定，除了憲法賦予總統職權外，其餘黨政權力徹底下放、完全交付，決策由黨政幹部全權負責，爭議循黨政機制協調解決。政務方面，行政院未來所有政策，由院長全權決定、完全負責；部會人事，總統將完全尊重院長之提名權，依據憲法予以任命。黨務方面，陳水扁做為一個黨員，只有義務奉獻，沒有個人意見，未來將不涉入任何黨務運作，亦不參與選舉活動。
總統罷免表決 李登輝表立場
只是，陳水扁「下詔罪己」和「釋放權力」後，情況未見好轉，同年六月一日，泛藍立委丁守中、呂學樟等趁勢在立法院發動「總統罷免案」連署。由於阿扁在當時已經與前總統李登輝交惡，並不時對台聯黨展現出權力的傲慢姿態，李登輝六月二日出席台聯「勇敢堅定，拚命為台灣」募款餐會時表示，本土政權不能堅持且背離本土路線，心中沒有國家與人民，以為自己好就好，令人失望；他也說，台灣民主最重要，「如果領導人不對就換人」，台灣之子不是一個人，大家都是台灣之子。
在民進黨開始陷入低迷的時刻，前行政院長謝長廷挺身而出，在六月十五日宣布接受徵召參選台北市長，謝長廷表示，為了民進黨的團結，他挺身承擔責任，盡管未來的路是「狂風暴雨、萬箭穿心」。
而對於阿扁來說，少了李登輝與台聯的奧援還不算慘，藍營以及媒體對他的追殺更是一波未平一波又起，六月二十二日接著爆發「國務機要費案」，台灣紅公司負責人李慧芬向立委邱毅爆料，指她的三百萬新台幣君悅飯店住宿發票，被她的堂姐李碧君拿去轉交吳淑珍核銷「國務機要費」；六月二十三日，審計部派員赴總統府查賬。
六月二十七日，立法院進行「首度總統罷免案」表決，雖未過關，但扁與民進黨已傷痕累累。尤其是表決前夕，李登輝大動作約見台聯立委和黨高層，表達對罷免案的立場，公開要台聯立委不必替陳水扁背書，投廢票就好，不要投反對票。罷免案雖未過關，但台聯的動作已經明白宣示，未來將不替陳水扁背書。
逼扁下台聲起 蘇揆與扁切割
罷免危機方歇，然而，同年七月十五日，卻有一群親綠學者發表「民主政治和台灣認同的道德危機」聲明，呼籲陳水扁總統慎重考慮辭去職務，認為若陳水扁辭職，可為台灣民主樹立難得的範例。七月二十六日，親綠學者再度召開記者會，發表二度聲明表示，沒有犯法不代表沒有犯錯；對於陳水扁仍不願意辭職下台，表示高度不滿。
在國務機要費案爆發後，陳水扁政權清廉形象幾乎破滅，藍營則持續追殺，包括第一家庭發票核銷問題、阿扁管家阿卿嫂的薪資，甚至連當時在美國的阿扁媳婦黃睿靜要不要回台灣生產，也都在藍營以及統派媒體炒作下，成為新聞焦點。二○○六年八月七日，前民進黨主席施明德發出一封「致總統陳水扁的信函」至總統府，屬名「老戰友」，希望扁能主動下台；中國時報則在八月九日以獨家方式將信函全文刊登。之後，施明德成立百萬人民倒扁總部，開始募款，發動紅衫軍倒扁行動。
當時獲得下放權力的行政院長蘇貞昌，並未出面替阿扁擋子彈，甚至頻頻出現切割動作，一切都看在本土派人士眼裡；其實在二○○六年初蘇貞昌結合新潮流系成功拉下前行政院長謝長廷後，蘇貞昌便開始走自己的路，阿扁在當年一月十九日宣布「謝下蘇上」，然而，當一月二十九日阿扁認真思考廢除國統綱領、終止國統會運作時，蘇內閣卻迴避此議題，當年聯合報社論在二月七日以「陳蘇兩人政治生命的動線南轅北轍」云云來加以諷刺。
而後，蘇貞昌在當年六、七月間召開的台灣經濟永續發展會議（經續會），也頻頻修正阿扁在元旦文告緊縮兩岸的「積極管理、有效開放」政策；且在統派媒體加持下，出現向中國傾斜態勢，往兩岸經貿開放的方向走，直到七月二十八日經續會落幕時，台聯與獨派人士集體退出會議抗議蘇修路線，蘇貞昌才有所忌憚放慢腳步。
台巴黑幕建交 蘇揆黑幕會馬
此時，在中國打壓下，台灣在外交關係上也開始出現變化。禁不起威脅利誘，非洲查德共和國與中國秘密建交，得知此消息後，外交部於二○○六年八月五日深夜緊急召開記者會宣布「台灣與查德斷交」，這也使得原訂在八月六日前往查德訪問的蘇貞昌行程臨時喊卡，台灣邦交國減少至二十四個國家；似乎也給了「傾中」的蘇內閣一計悶棍。
而同時，時任國安會秘書長邱義仁則交付外交部長黃志芳台灣與巴紐建交的機密外交案，並介紹中間人金紀玖給黃志芳；根據目前遭收押的外交掮客吳思材日前公布的照片顯示，巴紐官員到邱義仁寓所作客的時間是八月十三日，顯見邱義仁有意盡快促成台巴建交，但究竟是為阿扁設想或是替當時亟欲走出自己路線的蘇貞昌做政績，如今看來存在許多想像空間。
敲定合作計畫款金額後，外交部開始與巴紐官員進行接觸，並在金紀玖「先付款、再建交」要求下，於九月中旬，將近十億新台幣的款項匯入金與吳思材的聯名帳戶；當時台灣政壇依舊陷在一股紅潮中，蘇貞昌則開始主動出擊，要化解政局動盪危機，在未知會總統府與民進黨中央情況下，行政院對外釋放「蘇貞昌已經指示政務委員林錫耀、林萬億訪邀各界領袖共商國是」消息。時任國民黨主席馬英九也對外釋出，願意「主動拜訪蘇貞昌等重量級政治領袖，一起解決困局，但不會考慮和陳水扁見面，民進黨主席游錫?是名單裡面很後面的」。
當時「蘇馬會」消息甚囂塵上，泛藍在馬英九鼓動下，也於立院啟動二次罷免總統案，一時「蘇、馬意欲聯手扳倒阿扁」傳言四起。蘇貞昌更在九月二十五日密訪前民進黨主席林義雄尋求支持；蘇貞昌當時對外表示，他和林義雄談得非常深入、誠懇，「獲益良多」！然而，游錫?第一時間卻缺席與蘇貞昌例行院黨高層便當會，民進黨中央晚間則罕見緊急發布新聞稿，「堅決反對蘇馬會討論總統下台以及下台機制等問題」。外界猜測蘇的大動作已遭致反彈，不過，蘇貞昌則於隔日（九月二十六日）在立法院承認有「蘇馬會」一事，但前一晚已向阿扁總統報告，「總統了解他的苦心與經過」，「沒有府黨不滿情事」云云。
蘇貞昌不挺扁 子弟兵頻放話
時間發展至當年十月，藍營立委在雙十節當天當著外賓面前給扁政府難看，而紅衫軍當晚則發動「天下圍攻」，癱瘓整個台北市。立法院於十月十三日進行「二度總統罷免案」表決，未成立；黃志芳在與巴紐官員接觸後，開始覺得雙方台巴建交可能無望，於是向邱義仁報告，表示外交部要把這筆錢追回來，但金紀玖死不答應，以「建交有望」為由不願退還款項。
十一月三日，喧騰一時的國務機要費案偵結，起訴書認定阿扁、吳淑珍以及時任總統府副秘書長馬永成等涉貪瀆，傳出蘇貞昌在起訴書出爐後，開始草擬辭呈，民進黨則召開臨時擴大中執會，討論因應之道；蘇系立委放話要阿扁自我了斷，指蘇是有機會挑戰二○○八大位的人，現階段留在閣揆位置上沒有好處，挺扁會拖垮自己。
之後，在扁釋出「一審宣判有罪就下台」後，蘇陣營暫緩請辭意圖，民進黨中央也決議不會支持「三度總統罷免案」。然而與蘇友好的新系立委林濁水、李文忠卻發表以「誠信」為由的辭職聲明，表達對阿扁面對國務機要費案與黨中央處置的不滿，但也不可能支持罷免案，為表示負責，宣布辭去立委。
而後在謝系立委持續追打下，馬英九特別費案曝光，馬英九以「關係人」身分被高檢署查黑中心訪談，案情開始向上延燒。十一月二十四日藍營再推「三度罷免案」依舊未果，就在民進黨出現轉機之時，蘇貞昌卻在十一月二十九日的行政院會中裁示，「特別費與國務機要費是歷史共業」云云，引起政壇震撼，外界認為蘇貞昌似有替馬英九「解套」之嫌。而對於蘇在北高市長選戰關鍵時期提出「歷史共業說」，正為民進黨扛重擔、參選台北市長的謝長廷表示「不解」。
長昌配成定局 阿扁准蘇辭呈
在謝長廷亮麗高雄政績輔佐、牽制台北市選情下，十二月九日北高市長選舉揭曉，跌破外界眼鏡，民進黨守住高雄，算是小勝，黨內崩裂危機暫時緩解。此時，在台巴建交案方面，外交部也在十二月下旬開始派人會同金紀玖前往新加坡，希望把錢匯回到台北，未料，隔天金紀玖卻逃去無蹤，失聯至今。而後，外交部啟動外交危機處理機制；黃志芳則向邱義仁報告，此事非同小可，應當成國安事件來處理。
在二○○七年時，扁蘇關係又回溫，有意參選二○○八總統的蘇貞昌仍握有行政權，阿扁甚至一度希望「協調民調前兩名搭檔合作方式推動，且男女配時代已經過去了，男男配（指蘇謝配）沒有什麼不好」。然而，在歷經激烈的黨內初選後，默默努力的謝長廷勝出，為了方便選舉布局，蘇貞昌在五月十二日請辭閣揆，陳水扁批准其辭呈。
蘇任內談建交 責任卻要扁擔
同年，在對方要求下，黃志芳在一月請外交部次長張小月到第三國見巴紐外長，不過張小月在第三國努力一段時間，仍見不到巴紐總理，且巴紐總理在建交授權書中仍只提到加強兩國的雙邊關係，而非我方要求的「授權外長與台灣建立全面關係」；黃志芳認為條件不夠，認定雙方無法有長久穩定的邦誼，基於國家利益考量把關，未同意建交，終止巴紐所有推案。而在金紀玖失蹤後，外交部在二○○七年一整年的時間，耗盡心力追人卻都無功而返。
發展至二○○八年三、四月，黃志芳覺得已不能再拖延，與邱義仁商量後取得同意，決定「雙管齊下」。一方面函請北檢偵辦金紀玖背信、侵占公款案；另一方面則向新加坡高等法院申請禁制令，凍結金、吳兩人的聯名帳戶。而後，經新加坡媒體報導後，這樁台巴外交金援三千萬美金、將近十億新台幣遭侵吞的醜聞才曝光，邱義仁、黃志芳等在五月六日辭職下台，陳水扁則發表聲明指出，「我心中坦蕩，既未主導、亦未參與執行」。
只是，當醜聞案爆發後，民進黨再度陷入低氣壓，檢討聲浪四起，當部分黨員直指陳水扁應該退黨時，在「關鍵那一年（二○○六年）」實權在握的蘇貞昌，卻也在日前接受媒體專訪時指出，今天民進黨到這樣的地步，陳水扁該有多大的責任，不言可喻，「扁退黨應該可討論」；這對於當時給足蘇實權、即將卸任的總統陳水扁來說，心中恐怕是格外感觸良多吧！