巴紐外交醜聞政治風暴迄今仍餘波盪漾，果真陳水扁退出民進黨，扛起一切政治責任，就一了百了？當時擔任閣揆的蘇貞昌大動作透過媒體放話、撇清責任，但綠營高層對此卻持保留態度，這其中究竟隱藏何不可告人內幕？當時擔任國家安全秘書長、站在風暴核心的前行政院副院長邱義仁，也一再宣示扁對執行面與細節並不是很清楚，果真如此，邱義仁又是為誰辛苦和為誰忙？
電火球又切割 建構防火牆？
蘋果日報五月十一日刊出的專訪，蘇貞昌強調，他反對單為外交挫敗，要國家元首扛責任，但蘇補充表示，「如果針對八年來做為民進黨總統，所作所為是否對民進黨造成重大傷害，那退黨是可以討論。」蘇的發言，被外界解讀為既撇清自己的責任，也與阿扁進行切割，建構防火牆，以便為自己累積更多政治本錢。
第一個在巴紐案跳出來要求扁退黨的前謝長廷辦公室發言人趙天麟表示，有不少人對他的言詞不甚諒解，不過他的立場迄今沒變，他從頭到尾沒說陳總統貪瀆，這起事件雖然是單一個案，卻也是八年執政諸多錯誤的縮影。巴紐案發生問題是在二○○七年初，陳總統有相當長的時間可以處理，卻沒處理好，黨沒有規定陳總統要負什麼責任，陳總統卻可以藉此立下一個高標準。
弔詭的是，邱義仁意在言外指出，如果純是巴紐案要扁退黨，實在沒道理，因為扁雖然要為巴紐案負政治責任，但陳總統對執行面與細節，並不是很清楚。
綠營高層人士透露，巴紐案是詐騙案，是遇到金光黨，十億元是被中間人Ａ走，不是阿扁或邱義仁、黃志芳等貪瀆問題，且與阿扁直接牽扯的可能性極微，綠營高層對此已有相當程度的共識、認知，但究竟誰真正與巴紐案有牽扯，或要負更大政治責任，綠營高層卻往往欲言又止、顧左右而言其他，氣氛迷離撲朔又詭譎。
當年腹背受敵 如何秘密外交
據指出，本案的發生，必須回到當時的時空背景，才能更清楚真相。二○○六年五月卅一日晚間，阿扁邀集黨內天王宣示「三個決定，一個決心」，被外界形容是「下詔罪己」和「權力下放」的政治操作（詳情參閱後文），從那刻起到二○○六年底北高市長選舉，民進黨小勝穩住基本盤，崩盤危機暫時化解期間，阿扁是處在權力被架空的狀態，當時擔任閣揆的蘇貞昌，是扁政府時代第一個和唯一的有實權的閣揆，且直到二○○七年一月，阿扁在元旦談話中宣示沒有「蘇修路線」，被外界解讀是「修蘇」，並重新收回一些下放的權力，因而不少綠營高層揣測主導巴紐案的或恐不是阿扁，而是另有藏鏡人。
據分析，二○○六年八月間，時任國安會秘書長的邱義仁與外交部長黃志芳開始啟動巴紐案秘密外交的政治操作，當時由於前民進黨主席施明德在八月七日寫信要求扁主動辭職下台，八月十日開始更進一步結合統派媒體和藍紅政治勢力發動「百萬人倒扁運動」，紅衫軍上街頭抗爭已蓄勢待發，加上民進黨內部從五月初起就有蘇貞昌與新潮流系進行「逼宮」操作，阿扁面臨內憂外患、腹背受敵，在當時那種敏感時刻，怎麼會有心情發動巴紐秘密外交的建交操作？
邱黃急於建功 為蘇不為扁？
市井間流傳一種為阿扁轉移焦點和扳回一城的動機論，他們認為邱義仁、黃志芳、柯承亨等，為了幫阿扁轉移國務機要費和第一家庭連環爆的弊案等，因而揣摩扁意，逕自發動巴紐秘密外交的建交操作，期盼透過漂亮的外交出擊，為阿扁扳回一城，只是綠營高層認為當時阿扁聲望跌入谷底，邱義仁、黃志芳等應不會為阿扁而強出頭，加上二○○六年七月二十三日民進黨全代會通過由立委王幸男所提的「解散派系」案，新系對阿扁相當不爽，而七月底的經續會，台聯與本土獨派人士也集體退出會議對「蘇修路線」嗆聲，「蘇新聯手奪權╱吃相難看」已正式浮上檯面，邱、黃的外交出擊，如果真是為了阿扁，蘇貞昌和新潮流系人士會視若無睹嗎？
另類的推測，是邱義仁、黃志芳等的政治操作，是向蘇貞昌表態輸誠，因急於建功和飢不擇食而誤踩地雷，遭遇外交掮客金光黨，由於原本這一切就不是為了阿扁，阿扁才會在事情搞不定時袖手旁觀，連在公開場合都不給前外交部長黃志芳好臉色看，只差沒破口大罵而已，相對的，蘇貞昌一再大動作和透過媒體放話撇清責任，也給予外界「此地無銀三百兩」的負面觀感。
邱義仁藏玄機 暗示另有其人？
熟稔綠營內部生態和蘇、邱等人行事風格的黨政高層人士指出，邱義仁、黃志芳等的確是阿扁重用和不次拔擢的嫡系親信人士，但從李登輝執政的最後幾年，李身邊嫡系親信蘇志誠等早已投向新共主連戰的懷抱，不少政治操作，為了連戰的成份往往大於李登輝。
相對的，二○○六年八月間，蘇貞昌儼然已是阿扁欽點的實權接班人和綠營新共主，加上扁已正式宣告權力下放，蘇系的顧盼自雄，乃當時圈內人盡皆知，邱、黃等人是否可能也是為了幫蘇貞昌拚業績，以累積接下來拼總統大位的聲望，而進行秘密外交的操作？如果是為了阿扁而操作，邱義仁怎會語帶玄機表示，扁對細節不太清楚？這是暗示另有其他人對細節較清楚？
再者，阿扁那時大權旁落、被架空，還可從九月中旬紅衫軍數十萬人進行「圍城之戰」後聲勢大漲，綠營內部雖由當時擔任黨主席的游錫?發起挺扁群眾活動反制，但行政院高層也在九月二十四日無預警拋出蘇貞昌將「主動出擊」、「蘇馬會」的訊息。時任新聞局長的鄭文燦主動對外表示，蘇貞昌「已經指示政務委員林錫耀、林萬億訪邀各界領袖共商國是」。馬英九也對外釋出，願意「主動拜訪蘇貞昌等重量級政治領袖，一起解決困局，但不會考慮和陳水扁見面，游錫?是名單裡面很後面的。」九月二十五日聯合報更揭露「馬蘇會有譜」新聞，並強調蘇事前未告知扁，蘇親信林錫耀則大刺刺表示「總統看報紙就知道了」云云。
紅衫軍的激情抗爭倒扁活動，雖在「十月圍城」後，因中南部群眾自發性抵制而退燒，「蘇馬會」也不了了之，但二○○六年十一月三日高檢署宣布國務機要費案偵結，檢察官陳瑞仁起訴書認定陳水扁與吳淑珍、馬永成等人涉嫌貪瀆，並先行起訴吳淑珍等人，阿扁部份俟其卸任總統後再進行必要的法定程序，而「新蘇聯」的「逼宮」、「勸辭」傳聞也在市井間到處流竄、不脛而走；二○○六年十一月五日晚間，阿扁再召開記者會，說出「一審宣判有罪就下台一鞠躬」的話語，來自黨內的「逼宮」壓力才稍緩和，只是十一月十三日，當時擔任立委的新系指標性人士林濁水、李文忠卻宣布辭去立委，被認為是對扁再打一耙。相對的，翌日，在謝系立委技巧性、持續追打下，馬英九特別費案曝光，馬英九以「關係人」身分被高檢署查黑中心訪談，案情明顯向上延燒，阿扁才真正獲得更寬廣的喘息、轉圜空間。
邱黃欲言又止 統媒推給阿扁
長期觀察台灣政治發展和社會脈動的資深媒體人指出，邱義仁、黃志芳、柯承亨等對巴紐案的內情吞吞吐吐，給予外界邱等人為阿扁扛責任的特殊觀感，泛藍政客和統派媒體則推波助瀾，將矛頭對準阿扁，一再泡製「假外交、真詐財」或洗錢等戲劇性情節，但對照巴紐案的時空背景，以及阿扁權力被架空的特殊政治情勢，不難窺見巴紐案核心官員係急切貪功，「飢不擇食」，而非貪錢的「真相」，已被口水淹沒了！