就在陳水扁政府移交政權前夕，卻爆發外交部推動台灣與巴布亞紐幾內亞建交款遭中間人侵吞疑案！引發各界嘩然，此事影響所及，除了扁政府形象再度受損外，其中涉案的前行政院副院長邱義仁出席五月二日記者會，進行說明案件時所展現的態度，也讓人不禁搖頭。因為邱義仁當天雖滿口「自責」、「願意負起全部責任」云云，然而邱義仁在表達自責的同時，卻數度露出備受外界詬病的「祕書長的神祕微笑」，或許，這是邱義仁的「下意識反應」，但看在外界眼中，僅是予人「民進黨政府處理事情的態度是如此不莊重」的負面觀感罷了！
嘻皮笑臉引發負面觀感
就事論事，為避免中國打壓而進行秘密外交，民進黨政府的作為某種程度也有該受肯定之處，絕非如藍營立委林郁方、丁守中、邱毅等一再指稱「這是扁政府勾結金援掮客」，「檢調單位應調查總統陳水扁」云云。
然而，在行事如此草率、一昧相信外交掮客情況下，加上被騙的是阿扁親信、台灣情報頭子，凸顯的是民進黨政府的無能與愚蠢，社會當然會有緊張，何況在循司法途徑亡羊補牢、進行救濟之際，出面滅火、想要扛起完全責任的邱義仁，在鏡頭前卻是一副「嘻皮笑臉」不在乎、吊兒郎當的樣子，也難怪見獵心喜的藍營與居心叵測媒體會不斷以此與貪瀆進行連結，要直接將邱義仁甚至扁政府全數羅織入罪！
對於此案，民進黨立院黨團幹事長賴清德表示，台灣因國際處境及中國打壓，不得不從事秘密外交，從兩蔣時期一直到民進黨執政皆是如此；他說，全案進入司法程序，檢察系統正積極調查，很多外交事情，外面的人不容易看清楚，此案究竟是失誤、騙局或弊案，要待司法調查釐清後再論斷，司法單位應盡快查清楚，外界也應靜心等待，無須在此時刻就株連整個民進黨。
重大疏失不辯解只承擔
對於藍營企圖無限上綱巴紐案，欲將此案與扁政府貪瀆進行連結，民進黨立院黨團副幹事長管碧玲表示，「我不敢相信會有這種事」，她表示，巴紐案的背景是內憂外患，當時台灣內部正值紅衫軍作亂全台，而在外交處境上，台灣又面臨查德共和國的突然斷交，因此政府想透過外交來振奮人心也是可以理解
而且，雖然是秘密外交，但外交部次長張小月到第三國見巴紐外長，外交部長黃志芳到第三國見巴紐總理，顯見「確實是有在推動外交」。不過，管碧玲也說，在過程中是否有貪念出現？有無拿回扣情事？這部分就希望司法盡快調查。至於輕忽、過度信任外交掮客，把公帑匯入私人聯名帳戶的重大疏失，確實無法辯解，「這方面只能承擔」。
對於邱義仁的態度，與邱同屬前新潮流系的賴清德緩頰指出，這是邱義仁的下意識臉部表情，無須延伸；同為前新系的前民進黨籍立委邱創進也說，邱義仁個性本來就是如此，是一個願賭服輸的人，所以出差錯就承擔，沒有必要把他的微笑做任何多餘的解釋，他說，台灣媒體都刻意要醜化民進黨，但民進黨卻也落入媒體陷阱，「愈回應，人家就愈刻意要找麻煩」，對於神秘的微笑，他說，批評別人的習慣都很容易，但要改掉自己的習慣確實很難，他認為事件應該回到事情的本質，無須有任何聯想。
神秘微笑讓人更加不爽
不過，同樣出身前新潮流的前民進黨籍立委蔡其昌則坦言，「邱義仁就是過度自信」，他說，在邱義仁的思考模式中，這就是他一貫的行事風格，「我就是這樣，不然要怎樣？」所以在案件爆發後，在記者會上，邱義仁才會繼續面露微笑。如果以好的角度來看邱義仁的態度，可以說他的個性、行為模式、表現態度從黨外到體制內，都是始終如一，不因當官而有排場，用字遣詞也沒有任何官架子；所以也不會去「ㄠ」、辯解，只是認錯。
然而，蔡其昌也說，邱義仁所展現的過度自信風格，卻讓這件事的傷害更加擴大，或許邱義仁自己認為「這就是我」，民進黨內也可以了解，只是邱義仁似乎忘了「了解你的只有少數人」，應該用社會普遍能接受的態度來展現道歉的誠意；假如邱義仁態度莊重傷害是否較小？對此，蔡其昌直言，「傷害已經造成」，但神秘的微笑，確實會「讓人更加不爽」，媒體也會以此大作文章，質疑邱義仁微笑「是否代表這件事情是預謀、串通」，或者是「邱義仁與民進黨政府跟本不知悔改」；「這是非常不適當的表現！」
管碧玲也不諱言，縱使邱義仁有所謂下意識的微笑，但民進黨進入體制已有一段時日，更何況執政這麼多年，對於媒體治國的時代也應有所體認，加上邱義仁貴為副閣揆，也應當有所修煉，一抹沒必要的微笑，確實失分很多，這顯見邱義仁與社會脫節，「執政就是要對社會負責，而非是要社會來迎合你」。
過度自信行事卻欠嚴謹
另外，一位不願具名的前新系重要幹部透露，在總統陳水扁第一屆任期屆滿前，也就是約二○○三年、二○○四年之間，當邱義仁被陳水扁賦予愈來愈多的權力，跟阿扁幾乎呈現「完全靠攏狀態」時，邱義仁跟新潮流開始行同陌路。在這個階段，「與其說邱義仁是新系大老，不如說他已成為扁系決策核心」。
這位人士指出，過去新潮流之所以在黨內派系中，被視為最強、最團結、最有戰鬥力的派系，就是因為新系內部溝通良好，採合議制，在經過討論後，就對討論結果共同承擔、共同打拚，但是，身為新系大老的邱義仁，在完全獲得阿扁的授權後，「不敢說他是不是變了」，但邱義仁對於新系的同志，卻開始出現高姿態，「覺得除了他之外，其他人都是智慧不足」，於是開始產生爭論，邱義仁也有種不能再過團體生活的感覺，跟新潮流距離愈來愈遠；「這就是為什麼大家都跟乃公（吳乃仁）比較親，跟喇叭（邱義仁）關係疏遠的原因！」
至於外界質疑邱義仁可能是金援案的共犯，這位人士則指出，邱在獲扁重用後，有極大權力在身，但其實看不出邱義仁對權力的渴望，「沒有那種熱在權力當中的感覺」，只能說，阿扁對邱義仁的過度信任與邱義仁本身的過度自信，但行事卻有欠嚴謹，於是造成在卸任前恁般大地風波。「邱義仁認為自己很行，但這次事情印證有多行？結果還不是捅出這麼大的紕漏！」
支持追查民黨絕不包庇
在接連敗選後，民進黨正處反省改革階段，未料，此刻卻爆出外交掮客案，這也讓民進黨在五月四日舉行的臨時全國黨員代表大會，意外成了砲轟大會。有黨代表說，發生十億元金援弊案，這不是無德就是無能；有黨代表說，巴紐建交款遭侵吞案涉及人民觀感，有時候微笑可以化解衝突，但不要老是「嘿嘿嘿」，這樣只會自找麻煩。
黨代表陳大鈞則認為，巴紐案就像遇到金光黨一樣離譜，有阿婆被金光黨騙，大家都會罵金光黨，但總經理被騙，不是賠錢就能了事，從最高層的開始，難道都不會不好意思，如果民進黨沒有對外宣誓，未來情況只會更糟。
巴紐案引發黨代表熱烈討論，民進黨主席謝長廷表達「支持追查，絕不包庇」的立場；謝長廷也一再強調，他和在座的蘇貞昌、游錫?、張俊雄，雖然先後擔任行政院長，但都不知道這件事，他並感嘆，「發生這種事會讓人覺得鼓動政黨輪替是對的」；蘇貞昌會後受訪也直言，「很難看」。
民進黨籍立委李俊毅更是直接要求邱義仁離開民進黨；他說，他覺得邱義仁相當有智慧，所以有智慧的方式是自行退黨、與民進黨切割，如果邱義仁愛台灣，應該這個時候離開民進黨。民進黨團幹事長賴清德也表示，民進黨於總統大選後非常低迷的士氣，因本案又雪上加霜，「該負責的就負責，沒什麼不可以」。
自責表白退黨退出政壇
歷經數日，邱義仁五月五日請假未上班，但當天上午透過新聞局發表親筆簽名的聲明指出：本人因台灣、巴紐建交之醜聞案，深感愧對國家與人民，除願配合司法調查外，自即日起，退出我所熱愛的民主進步黨，並在近日離開政府後，永遠退出政壇。
在邱義仁宣布退黨後，民進黨團表示，邱義仁是創黨的黨員，從黨外時期到創立民進黨，直至今日，幾十年來投注生命、時間、家庭在政治上進行民主改革。如果不是因為非常自責，同時因為已造成國家這麼重大的傷害，邱義仁不會退出一手創立、所熱愛的民進黨，社會各界不妨給一點時間讓司法調查，「他這樣表白他的清白，應該是很夠了，大家不妨給他一些尊重」。
民進黨籍立委蔡煌瑯表示，邱義仁到底有無法律責任，現在司法仍在調查中，外界現在的批評只是要落井下石，只是要無限上綱批判民進黨政府的貪污，株連總統陳水扁，意圖在打壓民進黨，希望外界等司法調查後再來釐清執政的相關責任，否則是對陳總統的不公平和不厚道。
扁邱體制幾乎架空閣揆
不過，依舊有黨內人士批評，邱義仁要退黨，應該是自己的事情，居然還要透過新聞局，利用行政資源來替他個人發表退黨聲明，「不知道他在想什麼，社會觀感已經差到這種地步，現在連這種小細節都沒注意到嗎？」黨內人士也點名，民進黨這八年的執政失敗，就是被「扁邱體制」害慘的，進行秘密外交工作，但四任閣揆全不知情，「現在回頭來看，扁邱體制幾乎是架空閣揆」。
知情人士指出，陳水扁從二○○○年贏得政權以來，便重用邱義仁，「有部分原因是為了拉攏新潮流」，因此，邱義仁歷任國安會秘書長、行政院秘書長、總統府秘書長等要職，「就在這些重要職位上輪來輪去」；然而，阿扁長期對邱義仁的信賴，卻似乎有些過度，例如二○○五年二月二十四日扁宋會後遭獨派痛批的十點聲明，阿扁事後也向友人表示，「內容都經過邱義仁看過」，依賴程度可見一斑。
另外，雖然民進黨內認為，不應立即將此醜聞案與總統連結，但黨內也有聲音指出，這是扁過度信賴邱義仁的後果，總統應負起相關責任。民進黨主席謝長廷辦公室發言人趙天麟表示，他長期為民進黨做政策辯護，覺得政策可以辯護，被抹黑也可以反擊，但巴紐案的發生實在太離譜，迴避行政與國會監督，錯過黃金處理時效，導致事情無法收拾，對台灣與民進黨形象造成傷害，總統陳水扁有嚴重疏失與無可迴避的責任，應主動離開民進黨。另外，趙天麟也強調，這是他個人的意見，不代表謝長廷意見，和謝長廷沒有關係。
穩定民心阿扁應出面說
李俊毅則表示，巴紐案目前最重要的是總統在整件事中扮演什麼角色，以及未來準備怎麼做，呼籲總統應該公開說明，否則現在外界都是不利的消息。他表示，若總統不出面說明，民進黨支持者的信心會從動搖到潰散，接著民進黨的改革再造也會變成不可能，最嚴重恐將導致民進黨的毀滅，搞不好黨主席選舉，權力交替也會出現問題。
李俊毅說，民進黨改革結果與過程一樣重要，若黨主席選舉出席率依舊很低、過程又傳出派系運作，民進黨根本就是與社會脫節，如此整個黨一定會毀滅，且巴紐案一定會延續到黨主席選舉，過程中要想辦法穩住信心。他呼籲總統應出面定調，雖然相信此案是「被騙」，但也應該出來把「故事」講一下吧。
蔡煌瑯表示，總統是民進黨的最高領導，民進黨對此事已經概括承受，總統有政治及道義責任，但是否涉案，要等法律責任釐清。他也說，等到法律責任釐清，黨一定要對此案做整體討論，若沒有把後續責任釐清，此案將像鬼魅一直跟著民進黨，成為民進黨執政失敗的包袱，讓民進黨很難重新站起來。
由於陳水扁八年執政，最為人所知的就是完全信任前總統府副秘書長馬永成與邱義仁，而馬、邱兩人卻相繼出事，是否意味阿扁用人不當？管碧玲直言，陳水扁執政八年，在用人方面，確實有值得檢討之處，她說，或許民進黨執政經驗有限，用人「可以選擇的也不多」，但在用了之後，還是應該信任常任文官體系，避免機要主政，「該避免的沒有避免，所以鑄下大禍！」
逞口舌快流露權力傲慢
管碧玲也舉例說，其實馬永成雖然從在台北市政府就跟隨陳水扁，然而，早在北市府時，馬永成就與市府文官體系站在對立的地方，結果這樣的情況，在入主總統府後也是亦然，「不信任常任文官的不專業領導」，確實是扁執政重大疏失。
另一方面，也有人認為阿扁與邱義仁是相互影響；以行事風格而言，除了邱義仁神秘微笑給外界許多不好的聯想外，重用邱義仁的陳水扁，執政這八年來，在發言上經常也是語不驚人死不休，流露出權力的傲慢，平添社會負面觀感。例如二○○○年政黨輪替後不久，陳水扁與時任台北市長的馬英九因統籌分配款與北市府人事權問題，發生爭議；陳水扁在二○○○年九月十六日強調，他真的沒有辦法想像，他至少還有三年多的時間，「這三年多如果馬市長一直鬧情緒，日子要怎麼過下去？」「放輕鬆一點嘛！」「選也選完了，輸也輸了，不然要怎麼辦？算我好運當了總統，不然怎麼辦？阿扁總不可能回鍋再去跟他爭台北市市長，對不對？」
另外，在二○○五年年底縣市長選舉時，當十一月二十七日到台中市為民進黨台中市長參選人林佳龍輔選時，陳水扁則譏諷國民黨籍台中市長胡志強「拚治安，拚到中風」，甚至意有所指地向民眾表示：如果選了胡志強，不知他哪一天會「掣起來」！當時胡志強以「總統造口業、選風必低劣，總統無口德、選民最挫折」回擊。
而當二○○六年泛藍發動「倒扁行動」，陳水扁八月二十日到苗栗縣參訪並與地方人士座談時向與會者表示，「我錯在兩件事，第一是兩千年不該贏得大選；第二是三一九兩顆子彈沒把我打死。」引發不少討論。
另外，在藍營以及居心叵測媒體不斷鼓吹下，近年來頻頻出現嗆扁言論；在去年參加音響大展，陳水扁遭遇民眾「查理」嗆聲「活不下去」後，阿扁反批「活不下去的人還有那種閒情逸致去參觀音響大展嗎？」而後「查理效應」持續發酵，不過，陳水扁在二○○七年十一月十日出席苗栗通霄扁友會場合時，面對滿場的支持者，陳水扁愈講愈慷慨激昂，竟脫口直接向反對者嗆聲，「中國那麼好？太平洋又沒加蓋，覺得中國好就游過去呀！」
扁式風格藍營攻擊利器
除了出現向藍營嗆聲、類似挑釁的言詞外，陳水扁對綠營及獨派內部，也偶有令人震驚的發言；例如在二○○五年二月二十四日扁宋會後，獨派及前總統李登輝因不滿扁自失立場而進行批評，之後陳水扁卻以「正名制憲、自欺欺人」回應，震撼綠營內部。而同年縣市長敗選後，副總統呂秀蓮代理民進黨主席，也傳出陳水扁不滿呂秀蓮的言行，指她是「吃人夠夠」，呂回敬「忍辱不能負重，也就不用忍了」，總統府接著發新聞稿強調為此「不堪其擾」，扁呂鬥嘴、鬥氣也傷透綠營支持者的心。
對於陳水扁與邱義仁相互影響的「風格」，蔡其昌說，國民黨內部有句名言流傳「陳水扁是讓我們團結的重要關鍵」。他指出，國民黨失去政權這幾年，內部當然也有矛盾存在，但是陳水扁許多的行事風格與發言爭議，卻讓他們有同仇敵愾的感受，例如阿扁最著名的「不然要怎樣？」確實惹惱很多人，「不要說藍營，就連綠營的人有時也會覺得阿扁有些傲慢！」
「阿扁有時會讓人家覺得他忘了自己是總統」蔡其昌直言，身為民意代表確實可以訴求少數民眾，然而，總統則是代表台灣，「沒有代表少數人的權利」，可是卻不時看到阿扁總統情緒性對民眾嗆聲；他指出，於是扁式風格就成了泛藍攻擊的最佳利器，社會觀感也認為，「我們的總統會因為意識形態相左，便叫人家去跳太平洋」。
口不擇言阿扁喪失民心
蔡其昌也說，或許有人會認為阿扁這是「真情流露」，但其地位是總統，「阿扁對於總統的格局與認知確實有問題」，他不諱言，民進黨執政八年，雖然政績斐然，但是民眾感受為何如此差？除了圍繞第一家庭與不肖閣員的弊案，造成民進黨清廉形象受損外，阿扁辛辣、沒必要的發言，造成社會觀感差，也是執政失敗原因之一。「阿扁沒有體認到執政看顧的應該是全體的台灣人，很多時候講出口的話，不僅沒有爭取到反對票，反而是將這道溝愈切愈深」。
管碧玲也直言，這都增加了不必要的執政包袱，她說，或許有人怪罪這是使用台語的原罪，然而，前總統李登輝使用的也是本土語言，但與陳水扁相比，李登輝發言的背後，還是能夠讓人感受到風度與智慧，陳水扁所掌握的語言卻是充滿尖銳、刺激、對立，日積月累後，確實造成民心的喪失，甚至連支持者都感到扼腕。