朝野立委於三月二十二日協商「漢生病人人權保障暨補償條例草案」，達成初步共識，同意樂生療養院現址做為漢生保留區，讓樂生院現址保留重現生機。陳水扁總統於隔日上午表示，雖然台北市捷運局有不同的意見，但行政院長蘇貞昌已指示專人了解和協調，能否讓此事有更圓滿的結論，讓大家滿意，就算不是百分之百滿意，也希望能有一個能勉強讓大家接受、圓滿的答案。
朝野協商立法樂生院現生機
立法委員田秋堇、管碧玲、雷倩和賴幸媛等人擬法，以漢生病補償條例第四條確定保留區條款，將樂生院現址作為漢生病保留區，提供病人作為療養的康復園區。此舉，使樂生院保存方案得以起死回生，並取得法律保障的依據；但是，因為這項協議非黨團的正式會商，待進入院會審議法案時，仍存有變數。堅持反對的蔡家福委員就揚言這項協商即使送到院會也不會讓它通過。
陳總統公開表示，雖然這是日治時代所留下的錯誤政策，但是時勢已改變，不對的就是不對、該抱歉、補償就要抱歉、補償。行政院長蘇貞昌於立院答詢時，也代表政府從過去的隔離政策、捷運工程延宕和文化資產保存，這三方面的行政缺失作出道歉，並且交代公共工程委員會主委吳澤成，在捷運局未動工拆除樂生院前，應設法透過工程會的技術，以最大的能耐，做到讓樂生院的用地九○％的保留方案。
針對總統陳水扁要求行政院對樂生院保存再做專業評估，台北縣副縣長陳威仁表示，縣府向以捷運安全及樂生院保存最多為目標，因此屆時將依行政院指示辦理，不會急於四月十六日就強制拆除樂生院。
所有行政單位在陳總統及蘇院長公開發言、道歉後，皆採取相關的政策調整動作，只有台北市政府捷運局依然持守工程本位主義的心態，莫視人權保障和古蹟保存的社會需要。捷運局長常岐德以增加預算、延長工時和技術困難的理由反擊！絲毫沒有反省到面對爭議問題，準備替代方案來作專業討論，才是行政主管應負的責任。
從一九九四年至二○○四年，這十年爭議當中台北市捷運局都未曾因應樂生院的保存，提出和捷運機場共構的整合方案，專業者都市改革組織理事長喻肇青感慨地說，如果台北市捷運局願意面對問題，即時提出變更計畫，捷運工程也不致延宕至今。雖然，保存樂生院與新莊捷運線的施工進度無關，但位於捷運末端的新莊機廠工程遲遲未能定案，台北市捷運局恐怕才是最應該為此負起行政責任的單位。
土地已被炒作政客不願放手
新莊市長許炳崑與立委蔡家福、曹來旺、吳秉叡及縣議員黃林玲玲等人組成「新莊市促進捷運早日通車聯盟」指稱，台北縣市每日一百萬人次的交通流量，因為樂生院保留方案，使捷運機廠工程延宕三年以上，嚴重衝擊沿線新莊、三重百萬居民的生活。此話不僅誇大了捷運機廠工程影響交通流暢的問題，也徒然製造樂生保存與縣民交通的對立情緒。
根據在地民眾的說法，台北縣的民意代表因為看好捷運通車後的土地價值利益，紛紛在新莊一帶的捷運延線購買土地、設立建築公司，有些投資人已經被利息壓得喘不過氣來，因此，叫他們多等一個月，他們也不願意。如果能將樂生院民全部集中在一個大樓管理，不讓已無傳染力的院民與外界接觸，這才符合政客和資本家短期炒作房地產的最佳利益。然而，隱藏在樂生保存方案的利益衝突尚且不只如此，據說，樂生院的土地原是古代的河床，地下蘊藏豐富的砂石可供建築材料之用。建商得標不僅可以賺取挖掘土石的工程費，還可以將廢棄的砂石販售出去再倒賺一筆。
投資者之所以會有如此短視近利的想法，完全是缺乏「文化資產因子」及「公共利益加值」的想像，如果當初八里廢水處理廠的興建工程，把十三行遺址全都毀滅掉，現在還會有八里左岸的榮景和風光嗎？樂生院作為台灣醫療史、公衛史和人權史的文化地景，保存了北台灣最大的日治時期建築聚落，早就成為各家電影、電視製片公司爭相取景的場地，在院民抗爭之後更得到聯合國教科文組識認可，具有成為世界文化遺產潛力的樂生療養院，豈是一車一車的工程砂石利益所能比擬？這也是醫學界串聯聲援樂生院要原地保留的重要理由，因為歷史建築一旦拆除之後，就難以回復。
共構工程金額北捷混淆視聽
喻肇青教授表示，保留樂生院不僅不會妨礙地方發展，還可以促進地方繁榮。因為樂生院附近並無其他觀光景點，樂生院中有從各地而來的族群故事，將來樂生院可以作為一個人權、醫療、歷史、文化教育的開放空間，對於促進地方發展的潛力無窮，絕對具有加值的作用。另外，喻肇青也提到捷運機廠空間利用的問題，他說，新莊機廠駐車場頂樓的平台可以採取聯合開發模式，來設立商業辦公大樓，這個模式已在好幾個地方施行，技術上也不困難，但是台北市捷運局為何不肯採納，他感到很納悶。
面對保留樂生古蹟至少要花三十億至三百億的說法，長期參與保存計畫的喻肇青表示，這是一種混淆視聽的欺騙手法。五年前台北縣古蹟學者會勘樂生提出保存建議，捷運局就以三百億工程費來嚇阻文化局進行古蹟審查；兩年多前，劉可強教授接受行政院委託提出樂生院全區保存與捷運機廠共構方案，捷運局將評估報告的工程費加上合約求償，總計才有三十億元之說。而近日由欣陸工程顧問公司提出的評估報告中表示，保存九○％的替代方案僅增加工程費二．九億，且工期基本上不受影響。常岐德局長信口開河表示「工程費至少增加三十億」，不知這樣的說法有何專業憑據？
技術可以克服無須更動站體
英國德倫大學工程學博士、高雄捷運品質及安全顧問團計畫經理闕河淵表示，保存樂生院九○％方案，技術上的爭議有三個點，但都是可以設法解決的。第一點就是軌道線型，兩條曲線之間必須要有一個直線段，直線段的長度其實是跟行車速度有關，載客行車速度是每小時八、九十公里，進廠行車速度則不會超過每小時二十五公里。換句話講，它的直線段長度可以縮短很多，也不會有安全問題，但是，台北捷運局一直不願意去檢討、變更這個設計規範，讓他覺得很難理解。第二個是水土保持問題，根據水土保持法，農委會訂了一個技術規範，要求施工單位原則上必須要盡量用緩坡來處理，他們想到用垂直的邊坡排樁，可以減少拆遷和開挖範圍，這個作法對於水土保持其實是比較好的。第三個是，兩層樓的行政地區已經蓋好了，必須拆掉，將整個維修工廠往後挪，然後將變電站、行政大樓和維修工廠三合一蓋起來，這個作法可以大幅增加整個保存的建築物，損失並不大。
另外，目前新莊機廠的駐車廠與站體雖已完工，但軌道部分根本尚未施工，文建會所提出的九○％替代方案，也無須動到迴龍站站體，這是在專業報告書中顯而易見的事實。常岐德局長卻對媒體放話說，替代方案必須拆除機場軌道和迴龍站體，這樣的說法顯然有誤導社會大眾之嫌。
發動業界連署抗議蠻橫官僚
喻肇青和劉可強教授對於台北市捷運局長期以來挾專業技術之名欺瞞社會大眾，並阻礙樂生保存與捷運工程雙贏的可能性，使台灣社會付出文化、環境、社會和財務的高額成本，甚表不滿，已準備發動專業界的連署，來抗議他們壟斷資訊，只圖一己工程之便的蠻橫官僚作風。
其實，無論是文建會所提出的九○％替代方案，或是台北市捷運局主張的保存四一％替代方案，都是在樂生院原來剩餘的三成面積當中爭執，就算九○％替代方案能夠得到主管單位認可，也只是保存到原來樂生院二七％的院區範圍；其它七成土地範圍的建築物早在這十多年來的爭論當中，逐步被「公眾利益的怪手」給拆除掉了，弱勢者或少數人的利益經常是被迫要犧牲的。
「有錢的包大包，沒錢的包小包」或是「國民黨包大包，民進黨包小包」的傳聞在地方上早已不是新鮮事，這種複雜的政商關係並非樂生院民所樂見，卻差點決定他們後半生「二度監禁」的命運，期待漢生病補償條例早日通過，也算是主流社會對院民一種遲來的歉意！