2004.2.28百萬人牽手護台灣活動，在預演過程中，李登輝數度以活動總召集人身分呼籲民眾，在3月20日總統大選投票時能支持陳水扁連任成功，延續台灣本土政權。2月28日活動當天，李登輝與陳水扁同台牽手團結氣勢；3月20日總統大選，陳水扁拿下過半選票連任成功。

2004.12.11第六屆立法委員選舉，因民進黨與台聯在提名上，未能完全達成共識；陳水扁認為，民進黨的過半目標不應依賴台聯。選舉結果民進黨席次由87席小幅成長至89席，但台聯則由原本13席下滑至12席，泛綠整體席次由100席變為101席，僅成長一席，「立委過半數，改革大進步」希望落空，民進黨與台聯因此埋下緊張種子。

2005.2.24因朝野窘境未解，李登輝建議陳水扁找親民黨主席宋楚瑜進行合作，一時「橘子綠了」傳言甚囂塵上，然而，民進黨與親民黨在立法院合作尚未得到實質效果前，2月24日於台北賓館登場的「扁宋會」卻先造成綠營震盪。

「扁宋會」當天，陳水扁與宋楚瑜經過近兩小時會談後，就「兩岸和平、國防安全、族群和諧」確立10點共識並發表聯合聲明，強調將以「中華民國為最大公約數」。引發李登輝痛批「叫他抓鬼反而被鬼抓去」，認為陳水扁不應該發表自失立場的聲明；獨派大老辜寬敏、黃昭堂、金美齡等也堅辭總統府資政、國策顧問。

台聯認為扁背離「台灣認同」和「台灣主體性」兩項基本原則，並向統派投降、一中屈服，「輸到脫褲」，因而台聯將一肩挑起正名、制憲工作，在建立正常國家的道路上，與民進黨分道揚鑣。

2005.3.1「扁宋會」造成泛綠板塊鬆動後遺症尚未停止，陳水扁卻又在3月1日透過視訊會議與歐盟議員及媒體對話時指出，在剩下的總統任期中，要將國號改為台灣共和國，他做不到，因為支持執政黨的立委席次不到半數，縱使有此想法，客觀環境也做不到，「不能騙自己也不能騙別人，做不到就是做不到」。阿扁說，李登輝前總統過去12年任期沒做到，相信「縱使今天總統給他做，他也做不到」。

2005.5.9為了拉抬5月14日任務型國代選情，陳水扁接受三立新聞台專訪，出言抨擊李登輝自己在總統任內也不敢推動「正名、制憲」，卸任後卻一再鼓動，還對他這位現任總統常常指指點點，「叫我情何以堪」；陳水扁並說，自己像兒子尊敬父親一樣尊敬李登輝，「但是他不要認為，我像他兒子一樣，就把我當成他兒子來管」，而且，「就算是父親要管兒子，也沒那麼簡單。不是我不給他管，而是希望他說話應有分寸，稍微拿捏一下。」專訪中，陳水扁也諷刺李登輝當年提出「兩國論」，結果因美國有意見，只持續五天就又回到「一個中國」。陳水扁說，扁李關係5年多來，「他沒變，而是李登輝一直變來變去」。

對此，台聯祕書長陳建銘回敬「老子管教兒子，是天經地義的事，但兒子教訓老子，可就是大不孝」。台聯黨中央轉述李登輝的心情是，「感到非常痛心，但不會與阿扁計較」，因為李登輝關心的是國家大事，而不是個人榮辱。

台聯指阿扁是過河拆橋，現在覺得「做阿扁的朋友比做阿扁的敵人還要痛苦，因為永遠不曉得他什麼時候會在背後捅你一刀」。台聯立法院黨團也宣布，即日起關閉與民進黨的協商大門。

2005.12.3縣市長、縣市議員、鄉鎮縣轄市長三合一選舉，民進黨與台聯依舊無法全盤合作；尤其在台南市部分，台聯錢林慧君不願退讓，拿下12.95％得票率，尋求連任的民進黨許添財斬獲45.65％得票率，雖連任成功，但與國民黨陳榮盛的41.4％得票率差距不大。

2006.3.18民進黨舉辦318大遊行，民進黨秘書長林佳龍說，318大遊行將朝至少10萬人的目標邁進，呼籲朝野在318大遊行一起上街，讓國際社會聽到台灣人民的聲音。不過，台聯黨主席蘇進強表示，台聯318當天將把重心放在李登輝前總統所主持的全民經發會，強調重振台灣經濟比遊行更重要，所以台聯不會強制動員參與318遊行。蘇進強表示，李登輝認為，台灣對抗中國的併吞意圖，唯有拚經濟，讓台灣成為經濟安全共同體，「執政黨不能只辦遊行，民眾的生活更加要緊」。

2006.6.2第一家庭身陷弊案，李登輝在出席台聯「勇敢堅定，拚命為台灣」募款餐會時表示，本土政權不能堅持且背離本土路線，心中沒有國家與人民，以為自己好就好，令人失望。他也說，台灣民主最重要，「如果領導人不對就換人」，台灣之子不是一個人，大家都是台灣之子。

2006.6.27國親立委發動總統罷免案。6月27日表決前夕，李登輝大動作約見台聯立委和黨高層，表達對罷免案的立場，公開要台聯立委不必替陳水扁背書，投廢票就好，不要投反對票。這是李登輝繼不斷批評扁政策搖擺以來，似乎也對扁清廉人格的首度開公開質疑。罷免案雖未過關，但台聯的動作已經明白宣示，未來將不替陳水扁背書的決心；加上年底北高市長選舉在即，台聯切割民進黨意涵濃厚。

2006.11.4台聯提名台北市長參選人周玉蔻發表一封有李登輝親筆簽名的公開信「挺腐化的民進黨，台灣萬劫不復」，表明「李登輝不會和徹底腐化無能的民進黨站在一起」，也呼籲台北市民不能再繼續支持民進黨提名的參選人謝長廷。台聯提名高雄市長參選人羅志明也不斷攻擊民進黨提名的陳菊，台聯黨中央無法處理，衝擊選情。而後，台聯北市議員參選人陳建銘、簡余晏等選擇與周玉蔻切割，與謝陣營合作，進而當選，在北市議員首度突破；高雄部分則相反，不僅羅志明險些造成陳菊落選，台聯高市議員席次大幅下滑，由原本五席下滑至一席。

2007.1.26黃昆輝接任台聯黨主席，宣示要改走中間偏左路線，因考量七屆立委選舉，台聯與民進黨緊張關係開始浮現。

2007.1.29李登輝接受《壹週刊》專訪時表示，他不是「台獨教父」，也從來沒有主張過台獨；台灣並不存在獨立的議題，而台獨本身是假議題，台灣已經是主權獨立的國家，國家正常化才是接下來的目標，而正名、制憲、建立國家認同是國家正常化的要素；並主張開放中資，開放中國觀光客來台灣，賺中國的錢。

2007.1.31李登輝接受TVBS專訪時說，他不必追求台獨，因為台灣事實上已經是一主權獨立的國家。他又說，追求台獨是退步，而且是危險的作法；因為這種作法不但把台灣降格為未獨立的國家，傷害台灣的主體性，也會引起美國、大陸方面很多問題。他強調，現在有些人喊台獨，只是為了權力鬥爭。他也批評，「現在（民進黨政權）的黑金比較厲害。」

2007.7.19索羅門群島等三國常駐代表向聯合國秘書處轉交了陳水扁致聯合國秘書長函，提出「以台灣名義加入聯合國」申請書，但遭聯合國秘書未經「正常程序」處理即退回。扁政府開始推動入聯公投，李登輝與台聯並不支持。

2008.1.12第七屆立委選舉，採單一兩票新制，民進黨與台聯遲遲無法達成合作共識，選舉結果，泛綠大敗，台聯全軍覆沒，民進黨僅剩下27席立委，本土政權岌岌可危。

2008.3.22台聯在總統大選過程中，未出力支持民進黨總統選人謝長廷，李登輝在最後一刻雖出面表態挺謝，但他並沒有批評馬英九，還強調他沒有叫其他人去投謝長廷；謝長廷敗選，本土政權未來要如何找出新的勝利方程式，備受關注。

 整理．製表╱李鴻典