馬英九尚未就任總統之前，便主張以「一中各表」來定位台海兩岸的關係，而忽略了國際上所謂「一個中國」就是中華人民共和國，幾乎沒有中華民國置喙的餘地，因此被批評欠缺台灣的主體性。想不到他在就任一百日之後，進一步宣稱台海兩岸不是國與國的關係，使得原本曾經對馬英九政府還抱有一絲期待的李登輝前總統，大力批評，認為他「不配稱作總統」，並清楚地指出台海兩岸的關係絕對不是一個中國的內部關係。

這樣的新聞發生在舊金山和約簽定的9月8日前夕，更使關心台灣主體性的人們感覺到憂心。事實上，台灣目前最大的政治問題，就是內部對於台灣的國家定位沒明顯共識。而馬英九政府之所以可能放棄作為主權國家的地位，來定位台灣與中華人民共和國的關係，實際上也正反映了台灣內部共識的欠缺。從台灣的主體性出發，處理台灣與中國的關係，或許應該從台灣本身的歷史著手，而跳脫中國國共內戰的架構，才較為合理。令人遺憾的是，台灣島上有相當可觀的人民，仍然習慣以現實作為考量，而忽略了現實是否合理的問題。就此而言，或許不是處理台灣與中華人民共和國的問題而已，而應該從歷史上思考台灣與中華民國的關係，才是根本之道。

1945年8月15日，二次大戰結束。陳儀根據聯合國最高統帥第一號命令，於1945年10月25日正式接收台灣。而國民政府完全不顧慮在國際法的層次上，台灣地位尚未經過正式和約的處理，便逕行宣布台灣光復。台灣島上大多數的人民在當時也欠缺足夠的主體意識，而傾向於歡迎所謂的祖國接收。之後在內部經過228事件、白色恐怖以及民主運動的洗禮；在外部則面臨中華民國失去國際空間，在國際舞台上中國代表權被中華人民共和國繼承的打擊，面臨國際生存的需求使台灣主體意識日漸提升。使得國人對於思考國家定位日漸積極，台灣人認同也逐漸超過中國人認同，成為台灣主流民意。問題是，台灣與中華民國的關係未能清楚定位，國共內戰關係的架構也成為揮之不去的夢魘，使得馬英九政府先是講「一中各表」，繼而又提出所謂的不是（特殊）國與國關係。

仔細思考此一問題，在歷史上似乎應該回到舊金山和約才較為合理。這是因為舊金山和約是結束同盟國與日本戰爭的條約，也總結了日本與諸同盟國之間的戰爭關係。換言之，在戰爭過程中，所謂的「開羅宣言」「波茨坦宣言」中同盟國的主張，在國際法上在此一條約中加以處理。基本上1951年9月8日簽字的舊金山和約中，日本宣布放棄台灣與澎湖，而沒有處理它的歸屬問題，這才是戰後台灣國家定位問題的重要根源。換言之，在「開羅宣言」與「波茨坦宣言」已經不足以在國際法上論述台灣屬於中華民國之後，所謂台灣屬於中華民國的說法必須再提供更多的論述來證明，而不可以以現狀下中華民國政府統治台灣為由，便將此一現實的存在視為理所當然。

整體而言，面對所謂台海兩岸並非（特殊）國與國關係的說法，與其只承認現狀地處理中華民國與中華人民共和國的關係，不如重新根據歷史事實，釐清台灣與中華民國的關係才是根本之道。