馬英九政府上台之後，最具爭議性的部會首長，目前外界公推國防部長陳肇敏，甚至有政治評論節目名嘴，將陳肇敏列入「國民黨新三寶」之一。陳肇敏一席「三一九槍擊案現場不是台南金華街」的談話，惹怒陳水扁前總統，將提告巨額賠償，陳肇敏五月二十六日早上利用記者茶敘公開道歉，試圖結束這場鬧劇，但陳水扁前總統則決定繼續提告。馬政府上台一星期，陳肇敏的爭議性言論，成為新政府焦點。

不當言論  藍綠都不買帳

陳肇敏主掌國防部一星期，不僅個人言論出問題，整個國防部的運作也呈「馬上」不一樣的情況。在陳肇敏上任之前，國防部機關報青年日報，立刻「體察上意」，將報縫標語的「國軍為台灣而戰」，改回「國軍為中華民國而戰」。此外，高雄鳳山陸軍官校原本減少演唱國民黨黨歌性質濃厚的校歌，也刻意在陳肇敏上任之前，就主動釋出「重見江湖」的風聲。最令外界擔憂的，則是陳肇敏五月二十一日在立法院公開宣示，「國軍絕對不會發動攻擊」，甚至「期盼未來兩岸簽訂和平協定」。國防部長個人公開宣示限制國家戰略，且「自廢武功」，甚至有「不必買潛艇」之議，陳肇敏的個人表態與概念，不僅在綠營裡面罵聲不斷，連藍營也虎視眈眈，國民黨立委丁守中就認為，「相信他官位坐不久」。

陳肇敏是民進黨政府時代大力提拔的空軍將領，陳水扁前總統向外界透露，陳肇敏是「二○○○年民進黨勝選之後，第一位來官邸求見的軍方將領」，暗示陳肇敏的「表態」速度超快。二○○四年，在前國防部長湯曜明請辭之前，陳肇敏時任軍備副部長，是接任參謀總長（同軍令副部長）呼聲較高的人，但後來阿扁刻意培養較陳肇敏期別低的李天羽，陳肇敏遂轉而加入國民黨組織的「三一九真調會」。

軍方人士對陳肇敏的言詞褒貶不一，甚至有一股「看好戲」的氣氛在醞釀。也有軍方人士觀察到，「為什麼包括親國民黨媒體、立委，都在炒作陳肇敏事件，而馬英九卻不動如山、視而不見？」相關人士認為，「陳肇敏從來就不是馬英九的國安核心幕僚，以蘇起為首的外省人團隊才是。陳肇敏能夠接任部長，恐怕也和他的台籍身分有關，和新任外交部長歐鴻鍊的上台差不多。丁守中所謂官位坐不久，可能不小心洩漏了玄機。」

孤鳥部長  牆頭草型人物

陳肇敏在軍內的人際圈一向不廣，屬於「非主流」人物，湯曜明擔任國防部長任內，與陳肇敏的關係勢同水火，陳肇敏當時試圖結合前軍政部長康寧祥，在國防部內熱炒「湯系、康系」之爭，有「兩隻老虎」之稱。但是事實上，康寧祥是屬於「孤鳥型」政治人物，一向沒有「結盟」習慣，康寧祥當時甚至想要引入自己的文人高階幕僚進入國防部，皆受到軍方排擠，以第一名畢業於美國維吉尼亞軍校的知名退役將領陳勁甫，就曾試圖協助過康寧祥而不可得。康寧祥在擔任過軍政副部長後黯然下台，也象徵扁政府棄守軍政改革，而陳肇敏也從這時候開始，「變身」回國民黨陣營。

陳肇敏在民進黨執政八年期間的舉動，在「正藍旗」的外省軍事權貴集團眼中，是不折不扣的「牆頭草」。馬英九選情看好之前，就已經有外省集團高階退役將領團隊，開始在「分封官位」，甚至為自己的嫡系子弟兵卡位，準備迎接國防部大洗牌，馬英九勝選之後，這樣的人事「清算」更加檯面化，屬於李傑、李天羽系統的中階軍官，不是打報告退伍，就是準備要被發配邊疆，這是軍界公開秘密。也有軍方人士認為，要擺平軍方卡位鬥爭，對馬英九來說實在很困難，在明年縣市長選舉之前被認為的短命內閣裡，「孤鳥」陳肇敏，不僅人脈少，還是台籍身分，確實是「一張好牌」。

也因此，陳肇敏上任之後狀況不斷，跟國民黨另一「寶」李慶安不相上下，分占媒體鰲頭，不僅沒有太多國民黨同黨同志出面為陳肇敏護航，看笑話甚至落井下石的所在多有，媒體操作醜化陳肇敏的力道也很足，是馬政府上台後相當罕見的現象，背後是否有特定「卡位」勢力相互較勁，也很讓人好奇。而陳肇敏所謂的「放棄主動攻擊，想簽和平協定」的戰略構想，則一向是馬英九核心蘇起的想法，媒體批判國防部長的這方面發言，則著墨有限。

一石二鳥  陳官位恐不保

陳肇敏一席「不買潛艇」的談話，不僅引起政壇一些議論，甚至影響到美國方面後續對台的軍售談判。馬政府上任之後，國防政策如果呈現此種一百八十度的轉彎，美方是否會重新思考對台戰略部署，也可能動見觀瞻。馬英九上台之後，媒體原本炒作的美方「慶祝行情」，「馬上通過F-16C/D型戰機購案」，看來是謠言一場。

蘇起強調不發展攻擊性武力，甚至要停止研發攻擊性的雄風二Ｅ型巡弋飛彈，這個主張還曾經引起包括泛藍陣營軍方、中科院內部的反彈，馬英九眼見蘇起發言出問題，影響支持度才喊卡，如今爭議重新浮上檯面，還藉著陳肇敏之口說出，對馬團隊而言，即使犧牲陳肇敏一人，而可以落實爭議性國防主張，可能也是一石二鳥之計。