三爺宮溪是二仁溪污染最嚴重 的支流，為了看看三爺宮溪的水到底有多毒，台南市社區大學研究發展學會理事長黃煥彰將一條活魚放進溪水採樣的燒杯裡，大夥兒打趣著說：「打賭牠活不過五分鐘！」詎料話音剛落，魚兒便翻了白肚，結果，牠只活了一分又一秒。
污染 綠牡蠣污名遠播
聽黃煥彰講起這個實驗時，我們正端坐在舢舨，滑行於二仁溪之上，聽來格外具有驚悚的效果。舢舨行過之處，褐色的溪水化為水珠，不斷蹦跳到我們的手臂、脖子和臉上，在南部烈日的照射之下很快便乾涸，不知道二仁溪究竟在我們身上留下什麼。心裡正驚懼不定時，驀地又覺著隱隱悲哀︱人類文明往往依傍河流而興，而如今我們非但狠心以長堤將河流阻絕於視線之外，甚且對它嫌惡若此！
二仁溪發源於高雄縣，進入平原地帶後，一路沿著高雄縣及台南縣兩縣界蜿蜒西行，至台南市灣裡注入台灣海峽。對這條全長六五．一八公里的河川，台灣人並不陌生，在資訊還不發達的時代，二仁溪便保送台灣躍上國際媒體，綠牡蠣污名遠播。一九六○年代以來，灣裡地區幾乎家家戶戶都從美國運回廢五金，露天燃燒、酸洗回收貴金屬，每個夜裡二仁溪沿岸烏煙裊裊。就這樣持續了十多年，灣裡人才知道自己家鄉無論癌症、畸形兒的發生率都遠高於全國平均。
一九九三年台灣全面禁止廢五金進口後，熔煉業成為後起之秀，有時二仁溪化身為橙紅色的濁水緩緩流淌，那便是回收熔煉壓克力過程中所使用的大量硫酸。這些工廠沒有門牌號碼，沒有工商使用登記證，卻擁有各級民意代表的奧援，直到二○○一年，環保署動員七百名警力，才一舉強制拆除違章熔煉工廠。
污染 化學惡臭處處飄
正當國內民眾為二仁溪終於得以喘歇而暗自慶幸時，直到今日，二仁溪始終沒有脫離險境。在環保署進行的生物檢測中，嚴重污染第一名的是稍北的鹽水溪，二仁溪排名第二，但在地的相關學者都心知肚明，「如果論污染物質總量，二仁溪肯定是全國最毒的河川！」乘舢舨自出海口溯流而上，一股淡淡腥臭始終如影隨形；再觀察沿岸植草，鄰接河面的被溪水染得黝黑，再往岸上來則是一道枯黃，感潮線以上才總算有了綠意，判斷此言應不虛。回想起方才見到長長的水管伸入二仁溪汲水，提供魚塭使用，頓時有些悚然。
就在距離出海口不遠處的岸邊，乾枯的植草下方裸露出層層堆疊的廢棄電路板，每一時期的電路板材質略有差異，為台灣人昔日「拚經濟」的驍勇留下厚厚的紀錄，有人這麼形容：「就像在參觀博物館，看到台灣工業發展的過程。」據說土裡埋的東西形形色色，肉眼可見的只是冰山一角。諷刺的是，這頭岸邊的電路板尚未清除，河的對岸，正進行堤岸綠美化工程，方整水泥鋪上翠綠草坪，是現代台灣人最熟悉的河岸景觀，但從二仁溪河心望去，這番工整景象卻顯得有些虛妄不實。
舢舨拐入三爺宮溪，場面更加怵目驚心，主流的褐色溪水突兀地轉為濃墨，彷彿看得見涇渭分明的界線，舢舨一下子墜入無邊的黑暗。如果沒有伴隨撲鼻而來的化學惡臭，或許可以形容三爺宮溪如黑緞般流轉亮麗，但身處溪上，心情沉重得無法激發任何詩情，只能苦笑聽茄萣鄉舢筏協會總幹事蘇水龍自嘲：「咱台南出黑金！」
污染 上中下游皆病灶
茄萣鄉舢筏協會是由一群漁民組成，漁民可說是二仁溪污染的最大受害者。過去，二仁溪的出海口有現在的兩倍大，並有大片的河口濕地、紅樹林及防風林，非但是大人小孩玩耍、摸蛤兼洗褲的最佳去處，也是漁產豐饒之鄉，石鯽仔、烏魚、蝦、溪哥、川蝦虎、紅蟳......構成熱熱鬧鬧的生態系，漁船每每滿載而歸。如今，在二仁溪出海口只能找到俗稱豆仔魚的大眼鯔和大眼海鰱。豆仔魚是順著漲潮自沿海進入河口，而大眼海鰱是在地優勢魚種，也是「四大耐污染魚種」之一，漁民的舢筏只得往外海愈駛愈遠。由於親身的沉痛經驗，舢筏協會的會員們如今成了守護二仁溪最堅實的力量。
去年十一月十四日，環保署偕同水利署，以及高雄縣、台南縣、台南市三縣市首長，齊聚三爺宮溪畔，共同簽署「二仁溪再生願景約定書」，宣示二○○九年要讓二仁溪河岸面清潔無垃圾，並舉辦划龍舟大賽；最終至二○二一年，恢復二仁溪水清魚躍的自然生態。未料事隔不過一個月，又見布匹染整工廠偷排廢水，直到現在，部分工廠仍常利用夜間、假日或下班時段排放廢水，特別是仁德排水沿線，色彩多變，唯一的共同點是：顏色看起來都不自然。黃煥彰沉痛地說：「看到我們的溪，就看到台灣子孫的惡夢︱台灣人個個都是癌症候選人！」
但工業廢水只是二仁溪的病因之一。台南市環境保護聯盟理事長黃安調指出，一般提到二仁溪，大家往往聯想到廢五金和煉熔業，但實際上流域之內尚有電鍍業、皮革業、印染業等工業廢水，甚且工業廢水還只是二仁溪下游的問題。二仁溪的病灶更包括上游的養豬、養鴨廢水，以及中游的家庭廢水與下游的養殖廢水，再加上沿岸遍布垃圾及事業廢棄物，高灘地遭占用，「使得二仁溪血脈淤阻，氣滯血淤」，如果政府無法提出治標又治本的方案，整治恐怕未能竟全功。尤其二仁溪近四成的有機污染物都來自畜牧廢水，據學者估算，若考慮河川整治及生態成本，台灣每養一頭豬就要賠一千餘元，而二仁溪流域內養了約二十萬頭豬，為二仁溪氨氮的主要來源，也是河川優養化的主因。另外二一％的有機污染物則來自市鎮污水，對照高雄縣和台南縣境內污水下水道的處理率各只達一六．九％和六．一％（至二○○三年底），委實令人擔憂。
污染 政府整治莫輕忽
這次的二仁溪之旅，選在漲潮時刻，據說已經是二仁溪狀況較佳的時候。等到退潮，出海口水位將降低一公尺左右，缺乏海水稀釋的二仁溪，水色更濃濁，氣味更刺鼻，但舢舨上的乘客已經沒有力氣去想像。黃煥彰曾經沿著二仁溪河岸徒步三公里，眼前所見、腳下所踩盡是死魚和死豬，終至無法抑制而痛聲哭泣。相較於北部河川單純提供飲用和賞景，南部河川為人類背負起生產、消費、排放的沉重包袱，命運更為坎坷多舛。
現在距離「二仁溪划龍舟大賽」只剩下三年，規畫中的整治措施陸陸續續完成，但是二仁溪的病情似乎未見起色。整治措施中有的設計失當，成效未如預期（如灣裡人工濕地，非但沒有發揮預期的減污功能，還須引用地下水灌溉，淪為表面工夫），有的進度緩慢（如污水下水道施作），看來中央和地方政府都還得加把勁。在這過程中，社會的每一分子都要參與︱根據河川巡守人員的親身經驗，「每個人要去監督每條溪，只要大家不出聲，業者就會偷排。」或者是贖罪，或者是捍衛，無論如何，這是一場漫長的戰役。