NCC主委蘇永欽與前國民黨主席馬英九的關係，在NCC成立之初就備受質疑，等到馬英九接任國民黨黨主席、加速出脫不當黨產三中時，綠營質疑身為NCC主委的蘇永欽極近護航之能事，並未追查三中背後資金流向；尤其當日前馬英九成立2008總統競選辦公室，蘇永欽名列馬幕僚當中，蘇馬兩人的關係，也就更加引人側目。

政大社會系教授顧忠華指出，1996年，馬英九遭當時的閣揆連戰從法務部長一職調任為政務委員，1997年5月，連戰內閣飽受白曉燕案等政治風雨，當時馬英九在發表「不知為何而戰」的聲明後，辭去職務，而後，卻能在「截止日期後月餘提出申請」的程序爭議下，得以返回政大取得專任副教授教職。

顧忠華表示，申請政大教職的截止期限是每年3月31日，然而，當時馬英九是在5月請辭，距離申請專任教師的截止期限已超過一個多月，不過，就在前政大法學院院長兼法律系主任、時任行政院公平交易委員會副主任委員的蘇永欽強力運作下，政大法學院便「破例」開會同意受理馬英九的申請；且當時馬英九信誓旦旦的宣布任教五年，未料，隔年在台北市長寶座誘惑下，馬旋即棄政大學生於不顧，回鍋參政。

顧忠華說，對於當時馬英九的特權享用，引起不少政大法律系教授反彈，法學院也為之嘩然，因為馬英九雖是哈佛法學博士，但馬取得博士頭銜後的十多年間並無學術著作，況且，當時政大法律系較缺的師資為刑法、民事訴訟法等科目，並不是馬英九的國際公法領域，質疑馬英九特權聲音不斷，然而，卻在法學院大老級人物蘇永欽的運作下，馬英九依舊能排除眾議，返回校園。

如今，時空轉移，顧忠華說，蘇永欽現在好像又把過去的那一套手法重新運用，依舊在NCC當中，扮演強勢的角色。由蘇馬兩人的特殊關係與過去的案例看來，NCC是否有顏色？偏袒國民黨？似乎不言可喻。