立委選舉國民黨獲得壓倒性勝選，馬英九卻刻意低調，公開聲明在五二○前不組閣、不罷免、不談修憲等，用意除了要避免總統大選出現鐘擺效應外，也是整合泛藍內部矛盾，以確保他的總統之路。
策略失算 民進黨吃敗仗
馬英九很清楚民進黨慘敗，並不是國民黨比民進黨好，值得人民信賴可以帶領台灣開創新局，而是來自於兩項因素：一是民進黨執政八年的政績不好，國民黨將立委選舉等同於對陳水扁不信任投票的選戰策略發揮了比原先預期大的功能，加上選戰期間，陳水扁等人選戰語言過於辛辣，甚至出現不當言論，經過媒體渲染與扭曲，轉蛻為政治風波，而失去吸引中間選民重視立委選舉對確保台灣主體意識的重要性；二是單一選區兩票制結構本來就不利於民進黨，選戰還未開打，外島與東部、原住民等十餘席立委，國民黨就已幾乎未戰先贏，先天不利的民進黨只能寄望務必鞏固南台灣基本盤，將輔選重點擺在中台灣，力求突破泛藍在結構上的優勢。換言之，民進黨可以說是一開始即已陷入苦戰，加上選戰期間，黨內未能有效整合輔選腳步，甚而不時傳出謝長廷輔選不力說法，打擊民進黨團結士氣，雖然泛綠支持者普遍有危機感，卻沒有完全刺激他們願意投票的動力，終而造成南台灣失守，中台灣失利，北台灣又無法突破下，創下民進黨成軍以來最嚴重的慘敗。
立委選舉新制結構性的不利、黨內團結與氣氛以及客觀政治環境的劣勢等種種因素，說民進黨一開始就在打一場不可能的選戰並不為過，就像陳水扁宣示要以五十席為目標時，黨內都只聽聽而已，認為這是不可能達到的目的，民進黨只要能贏得三十五席以上席次，立委選戰即已立於不敗之地，而三十五席是以過去民進黨三成五左右的支持度換算而來，卻忽略了單一選區，一對一的殊死戰，不能以政黨支持度做為概估席次依據，或是以此做為選戰策略的根本，以致在幾個大有勝算的選區，民進黨提名的立委候選人以些微差距敗選，加大綠藍席次的差距，嚴格說來，這是民進黨的策略失算，也可以說是過於輕忽單一選區對民進黨立委選舉的不利結構。
鐘擺效應 馬總統路關卡
然而無論從民進黨區域與政黨得票率來看，在泛綠支持者沒有像泛藍支持者高度的投票意願下，民進黨仍有三成八上下的得票率，顯示民進黨的基本盤，並沒有如一些泛藍政論名嘴，甚至黨內悲觀人士所說的「崩盤危機」，相反的，應該是說民進黨在總統大選仍大有可為，套用呂秀蓮的說法，只要民進黨能找回二百多萬張票，總統大選就會出現鐘擺效應，反之則是西瓜效應。國民黨的立法院長王金平也提出警告，雖然國民黨獲得五成過半的得票率，但民進黨仍維持基本盤，一來一回只差七、八個百分點，國民黨切莫以為民進黨立委選舉慘敗，國民黨就篤定可以贏得總統大選。
呂秀蓮、王金平的論點，絕非只是振奮民進黨士氣，或是潑國民黨冷水，而是貼近於事實，這點只要看謝長廷代理黨主席，在民進黨敗選第一時間展現承擔責任，謝謝選民對民進黨的教訓，把握黃金七天時間全力穩住民進黨陣腳來看，便能體會馬英九何以要保持低調，要求國民黨不要沉溺於立委選舉大勝，泛藍掌握國會四分之三席的迷思裡，樂觀的以為總統大選不會有鐘擺效應。
這是馬英九邁向總統之路的第一個關卡。
對馬英九而言，國民黨贏了立委是必然的結果，更重要的是要贏得了總統大選，然而從這次立委選戰，出現馬英九意想不到的變數，原來先前緊張的馬、王關係消失不見，取代的卻是馬英九與吳伯雄、連戰關係的改變，讓他不得不把重心回防部署，首要之務是加緊整合泛藍內部，確保他的泛藍領袖地位。因此在立委開票結束後的第一時間，馬英九立即與黨中央協商取得一致共識，亦即二月一日新國會成立後，有關組閣、罷免總統，甚至修憲等議題，國民黨一律不碰，即使陳水扁釋出由泛藍組閣權善意，國民黨也要予以婉拒。此一重大宣示，除了要避免讓民進黨有操作鐘擺效應政治空間外，馬英九最大的考量要完全掌握馬蕭競選總部的主控權。
領導結構 國民黨起變化
馬英九與吳伯雄、連戰是在拒領公投票出現分水嶺的改變。猶記得國民黨中常會決議拒領公投票前，馬英九還對外表示立委投票時，他也會領取公投票，等到吳伯雄宣布後，馬英九立即改口遵從黨中央決議，但拒領公投只限於立委選舉，不包括總統大選的入聯與返聯公投。另一方面，在黨中央通過拒領公投票的同時，久已不在政壇現身的連戰重出江湖，一天連趕數場輔選，全力宣揚拒領公投時，敏感的人就嗅出國民黨的領導結構已經有化學變化了。
當初馬英九因特別費案遭起訴而宣布辭去黨主席時，吳伯雄臨危受命參選黨主席補選，馬英九原來的設計是一則藉吳伯雄之手卡住王金平參選黨主席，以免壞了他的總統大選布局，例如萬一特別費案宣判並未如他的無罪預期，王金平與連戰勢力的結合，可以營造「馬下王上」的氣氛，亦即國民黨改推派王金平參選總統。雖然這個可能性很小，但排他性極為強烈的馬英九與其競選團隊卻不能不做最壞的打算，並且提早因應；再則是吳伯雄就像吳敦義一樣，都是馬英九從冷凍庫裡拉出來，搬出抬面，藉由「雙吳體制」來穩定黨中央的運作，「雙吳體制」的定位是輔選機制，而非決策機制。也就是說吳伯雄、吳敦義是馬英九的白手套，為他跑龍套，當家做主的還是馬英九。然而從詹啟賢被排除在國民黨不分區安全名單之外，以至吳伯雄未充分取得馬英九同意前便決定拒領公投票，甚至拉攏連戰、宋楚瑜形成另一股勢力後，馬英九就深感芒刺在背，尤其是國民黨立委取得空前勝利，吳伯雄被視為最大功臣，聲勢扶搖直上，馬英九及其團隊最擔憂是決策與權力無法定於一尊，也擔憂國民黨被勝選沖昏了頭而失去警覺心，因而搶先一步宣示國民黨不組閣、不罷免總統、不談修憲，壓制連戰串連新起的吳伯雄勢力，結合國民黨內部反扁力量趁立委大勝之便，增加政局不穩定因素而影響了他的總統大選。
公投議題 馬吳連暗較勁
馬英九強調，國民黨未來若能取得執政，絕對不是舊時代的復辟，而是新時代的開始。國民黨七年多的在野「已學到很多教訓」。與其說這句話是說給民眾聽的，不如是說給吳伯雄與連戰聽的。對吳、連而言，拒領公投是贏得立委選舉的關鍵策略，接下來總統大選還是一樣會拒領入聯與返聯公投；但對馬英九而言，他並不像連戰的立場是屬於反公投，而是肯定公投的地位，只是反對用公投來決定國家定位，因而當民進黨推入聯公投時，馬英九想出了返聯公投的方法，既可模糊焦點，也不會被冠上反公投帽子，但卻遭到連戰等黨內右派力量的反彈，吳伯雄也善用這股力量與連戰結合，主導拒領公投，也趁勢擴張在黨內的地位，如今國民黨立委大勝形同證明吳伯雄、連戰拒領公投路線正確，間接拉抬黨內反公投的勢力，可想而知是接下來總統大選也會依樣畫葫蘆拒領公投，這絕非馬英九所樂見的發展，然而他卻仍無法完全掌握總統大選是否會拒領公投，只能對外低調表示，現在還沒有正式討論，顯示兩股力量還在角力之爭。
拒領入聯與返聯公投，事關馬英九爭取本土選票，以及國民黨長久以來潛存的路線之爭，馬英九雖採取步步為營的策略，立場也一直搖擺不定，但可以確定的是他並不願意拒領，這是出於現實考量，畢竟拒領公投對他的總統大選是弊多於利。但是對以連戰為首的反公投與親中勢力來說，拒領公投成為擊垮台灣（台獨）的必要防線，立場要堅定，態度不能動搖，否則形同自毀長城，助長台獨氣焰。因此，可以預見的是未來馬英九與吳伯雄、連戰會在拒領入聯與返聯公投，相互拔河較勁，總統大選拒領公投與否，也成為觀察馬英九大選走向、國民黨路線及權力結構改變的重要指標。