入聯聖火路跑引發台北市長郝龍斌槓上陳水扁總統，在中華路跑協會緊急補件申請下暫時化解僵局，然而這起風波令人關注的是，郝龍斌是真的對抗中央，還是藉此與馬英九別苗頭。
獨厚鐵馬 兩套標準
郝龍斌認定「全民傳聖火，前進聯合國」路跑是政治活動，堅持要依集會遊行法申請許可與路權，否則依法取締，但是對照台北市政府去年處理紅衫軍在凱達格蘭大道反扁集會，以及同樣也是在二十四日與入聯聖火路跑同時舉行的國民黨返聯鐵馬活動，明顯有兩套標準，可是郝龍斌在被踢爆後反而是死鴨子硬嘴皮，仍然強硬表示台北市警局不會派人進行交通管制，依法告發或是取締違法路跑，因而引發民進黨政府群起反擊，陳水扁就公然說，他絕對要跑第一棒，台北市政府要捉人的話，第一個就捉他，「好膽你就來，有影你再說，沒影不要用唬的」，雙方氣氛劍拔弩張，一觸即發。
民進黨台北市議員李建昌就拿出公文證明郝龍斌公然說謊，台北市政府雙重標準。國民黨二十四日為馬英九造勢舉辦的「青春鐵馬向前行」返聯活動，也是政治性的集會遊行，依法需向台北市警察局申請集會許可及路權，但國民黨台北市黨部是向新工處申請，也就是以「體育活動」名義申請路權與請求協助交通管制，並且是在十月十六日才送交申請書。
可是依照「台北市使用道路集會要點」、「台北市使用道路集會申請須知」規定，扣除星期例假日、國定假日或其他休息日，至少要在八天前提出申請，三十天內，以書面向北市府新工處提出申請使用道路同意書，也就是國民黨台北市黨部應該在十月十二日提出申請，十六日才申請等於揭穿了馬英九騎單車的選舉造勢活動是違法，台北市政府如果真的像郝龍斌說的「一切依法行政」，就該不准國民黨台北市黨部申請道路使用同意，然而新工處有樣學樣跟著郝龍斌硬拗說，所謂「八天前」包括「頭尾兩天」，因此「合乎規定」。接著李建昌拿出新工處公文，上頭白紙黑字寫著申請日期是十月十五日送件，並在十六日以補件方式完成申請，他因而批評郝龍斌公然對藍軍活動放水，還敢大言不慚痛罵中央帶頭違法。
互別苗頭 有跡可尋
被人抓包，又理虧，換做是一般人早就羞於見人，郝龍斌卻是臉不紅、氣不喘的連聲說了好幾次「依法、依規定辦理」，就像他說了幾次表明台北市不會協助入聯聖火路跑的交通管制，似乎矛頭全對準民進黨而來，問題是國民黨總統參選人是馬英九，不是郝龍斌，如果台北市槓上中央，有助於拉抬自己的聲勢，或是拉抬馬英九選情，還有話可說，但如果霸道硬拗，造成中間選民對馬英九不利觀感的話，豈非是反輔選？陳水扁說，台北市政府不要再鬧下去，讓全國看笑話，郝龍斌「愈擋愈死」，不要成為謝長廷當選總統的最佳助選員，這一番話雖然諷刺意味十足，卻也言之成理。換言之，郝龍斌敢在太歲頭上動土，雖然是衝著民進黨而來，也同時有與馬英九別苗頭的意味。
猶記得去年馬英九因特別費案遭特偵組以貪污罪嫌起訴時，當時馬英九辯解，他把特別費匯到個人帳戶，完全是遵照行政院的規定，而且審計部從來沒有規定，不需單據入帳的特別費要記明細，也從未規定用不完的要繳回，如果他這樣做有問題的話，全國六千五百位首長都有問題，根本是陷公務員於不義。然而郝龍斌接受訪問時說，他擔任環保署長期間，特別費都依法、依規定使用於公務上，沒用在自己家人、親人與朋友，甚至嚴格要求自己的秘書，千萬不能拿別人的發票報銷，而沒有用完的首長特別費，也都會繳回去。
小巨蛋案 將馬一軍
郝龍斌的這番話是去年底台北市長選戰時，遭民進黨舉發郝家水電費公私不分，為了不讓自己的選情受到衝擊而藉由媒體訪問鄭重澄清，但當時也正是馬英九遭揭發特別費案，為此，馬英九還辭去黨主席，憤而宣示參選總統到底，郝龍斌的自清，聽在馬英九耳朵裡，格外不是滋味，馬英九向來重視形象與操守，好像這是他專屬的註冊品牌，郝龍斌卻不顧他的感受，還要搶走他「一路走來始終如一」招牌，愛面子的馬英九有如啞巴吃黃連，有苦說不出，以致形成日後國民黨內傳出馬、郝心結的說法。
馬、郝心結另一個例證是小巨蛋案。小巨蛋是在馬英九市長任內招標由東森取得經營權，王又曾、王令麟父子等人相繼遭檢調通緝、收押，偵辦掏空案件爆發後，郝龍斌親自下令解約東森經營權，由市府接管，從而引發馬英九市長任內體育處長劉家增涉嫌圖利東森事件。
小巨蛋弊案是郝龍斌上任成立廉政肅貪中心之後，主動偵辦的第一起，偵辦的對象是前台北市政府馬團隊成員，當時就引發馬陣營不滿，認為郝龍斌急於建立其形象，不惜和馬英九切割。郝龍斌當下立即撇清「這絕對是一個不實的揣測」，他指出，這是馬英九卸任前即列入移交事項，今年二月發現問題重重後才將劉家增調離非主管職務靜候調查，然而台北市政府接管小巨蛋，負責處理接管作業的小組召集人，不是前馬市府的副秘書長李述德，而是被外界視為郝系的副秘書長楊錫安。李述德參與並負責小巨蛋興建到對外招標所有過程，業務十分熟稔，卻被郝龍斌排除在外，就連馬英九時代主管體育業務的教育局長吳清基也被排除在外，這就有點跳到黃河也洗不清了。
急於表現 與馬切割
其實，郝龍斌藉小巨蛋案與馬英九切割傳言是要脫離馬英九的陰影，掌握台北市政完全自主權。眾所皆知，郝龍斌是靠著馬英九光環才當選台北市長，許多人認為馬英九之所以支持郝龍斌參選是可以繼續保有台北市影響，讓他參選總統無後顧之憂，郝選上後的台北市將會「馬規郝隨」。往好的方面看，這是馬十分倚賴郝，靠他守住台北市；往不好的方面看，郝豈不是變成「兒皇帝」，對於急於想要在台北市有所表現的郝龍斌來說，有如面子裡子盡失，藉由小巨蛋解約事件，郝龍斌既可以展現魄力，也可以順勢與馬英九切割開來，可謂一舉兩得。何況郝團隊也認為，李述德、吳清基過去處理小巨蛋時不慎，以致合約出現死角，不讓他們兩人參與，有利於台北市政府接手小巨蛋作業。
然而馬英九明明早就發現劉家增有問題，卻不立即依法偵辦，把問題交接給郝龍斌，說不好聽是留下爛攤子，就像貓空纜車一樣，明明設計有問題，馬英九卻急著趕在卸任前通車，風風光光向台北市民證明他的政績一籮筐，郝龍斌上任察覺有問題，硬是沒有在馬英九離開台北市政府前核准貓纜通車，當時馬英九就頗為不悅，今年七月馬英九成立台北市後援會時，郝龍斌誇讚馬英九市長任內許多第一政績，不知是有意還是因為貓空纜車頻頻凸槌之故，沒提到貓空纜車「政績」，緊接上台的馬英九致詞時強調，他做的比郝龍斌講的還要多，一來一往間，在場的人都嗅出其中別有含意，從而加深兩人心結的傳言。
深藍色彩 反本土路
這次體委會舉辦入聯聖火路跑，郝龍斌強硬對上中央，不惜擺出違法抓人態勢，除了與他本身意識形態有關，另一個原因是不認同馬英九的本土路線。馬英九為了爭取中間選民，從宣佈參選以來，舉凡競選班底、選舉策略都與國民黨保持距離，黨中央淪為為他拉票的角色之外，最讓泛藍不滿的是本土路線，像是返聯公投就造成內部矛盾，認為馬英九為了自己的總統選舉，和國民黨切割開來，雖然這種不滿聲音並未擴大，黨中央也盡全力疏通，可是對深藍支持者而言，仍不太能接受，只是基於奪回執政權大局考量，多半隱忍不發，內心裡卻是鬱卒，情緒需要有地方宣洩，郝龍斌成為他們心中最好的洩洪道。
一則郝龍斌與其父郝柏村具有深藍指標作用；再則台北市是首善之都，郝龍斌一舉一動都具有標竿作用，郝龍斌愈是強硬對抗中央，愈能發揮深藍洩洪道的效用之外，對這位主政台北市已快一年，卻看不到建設的郝龍斌來說，他愈是強勢對抗中央，相對的也愈能在泛藍裡建立起個人聲望，至於對馬英九的選情是否會帶來負面效應，並不是他關注的焦點，於是這場郝龍斌大戰中央的政治對抗戲碼，無形中也摻雜微妙的馬、郝心結了。