馬英九突然發表聲明撤回大選誹謗訴訟，國民黨卻堅持大選官司打到底，再次曝露馬、黨不同調問題，也顯示馬英九的問題不在於綠藍和解，而是禍起蕭牆。
撤選舉訴訟黨內不買帳
馬英九撤回訴訟的決定，事前並無任何徵兆，主跑總統府記者臨時接獲發言人王郁琦通知才知道有這項「希望創造台灣社會和解共生」的「美意」，沒想到國民兩黨並不買帳。民進黨方面，包括黨中央秘書長王拓、立院黨團總召柯建銘等人名為肯定，實則譏諷馬英九「撤半套、太晚撤」，且有轉移焦點、沽名釣譽；國民黨方面更是直接打了馬英九一巴掌，秘書長吳敦義以黨中央蒙受不白之冤，還原事實真相為由，堅持兩項大選期間訴訟要打到底，透過司法討回公道外，還直接表明，「黨中央與總統府的情況有些出入」。
撇開馬英九撤回訟訴是否為了提振其日益下滑支持度的政治盤算不論，還是形式象徵重於實質意義不論，光是馬英九仍然尊重周美青決定，並未撤回對金恆煒的控告，以及同樣是選舉誹謗官司，國民黨中央卻堅持不撤案，馬英九的撤回訴訟之舉，不僅是來得慢，還是虛晃一招外，更重要是馬英九連自家同志都無法握手言和，如何奢談與競爭對手「和解共生」。
馬英九執政兩個月來，外界看到的是他與劉兆玄民調支持度軟趴趴，「馬上好」變成「馬上漸漸好」，「宅男」變成馬英九的新名字，「九萬兆」成為消遣馬英九政府的現世報，但是更大問題是原來馬英九口中說他與蕭萬長、劉兆玄的金三角組合破功，黨政關係紊亂，從「黨政分離」退到「黨政分際」，府黨還是明爭暗奪權力分配，內部都無法整合的情況下，結果自然如李登輝所說的執政做得很爛。
博鰲搶風頭老蕭變怨男
馬、蕭、劉三人組的關係變化，最早起於蕭萬長海南島博鰲亞洲論壇之行。蕭萬長在博鰲意氣風發大舉向中國招商，與胡錦濤對談兩岸前景，搶盡了風采，忘了副手該謹守的分寸，結果一回到台灣，馬英九延遲與香港媒體記者會時間，表面上說詞是要等蕭萬長，實則是當面給蕭萬長軟釘子吃。於是博鰲亞洲論壇成為蕭萬長的政治自殺，雖然蕭胡會為他帶來聲望高峰，但也同時畫下句點，自此之後，蕭萬長有如人間蒸發般，看不到蹤影。物價通膨、股市大跌，全民莫不引頸企盼被馬英九在選舉期間稱許，並委以拚經濟的「總舵手」蕭萬長，再度像當年發揮本領帶台灣走出亞洲金融風暴時，蕭萬長卻是靜悄悄，剛開始還會說說擴大內需，但馬英九一句話，便停止發言，到了後來索性少露臉少講話，好像國政大事與他一點關係都沒有。即使這次卡玫基水災，蕭萬長也下鄉勘災，但明顯的他非常低調，只對治水工程與預算發表看法，其餘一概不涉及，蕭萬長成了不折不扣的「深宮怨男」，大選震天價響的「九萬兆」黃金組合口號現在只剩下「九兆」雙人行。
馬、蕭二人關係與過去扁、呂關係，副手都是純粹的選舉組合，政治號召與黨內派系考量多於實務功能，不同的是呂秀蓮意圖要所做為，自我定位不清而引發許多風波，蕭萬長也是想要一展伸手，但一碰璧就識趣打退堂鼓。說好聽的是謹守憲法，副總統只是備位元首，既無權連聲音都不該有；講難聽點是苗頭不對，冷眼看馬英九焦頭爛額。
政院頻凸槌九兆變遠距
馬、蕭兩人提早結束蜜月期，其實並不令人意外，從一開始包括國民黨在內都認為蕭萬長不過是馬英九找不到最合適副手的替代品，一則堵住黨內反馬勢力；再則利用其省籍、地域背景，一塊招牌，用完就晾在一邊，馬英九並不會委以重任，甚至不想讓他有表現的機會，還情有可原，但是馬英九與劉兆玄關係變化，就讓人難以理解。
以蘇花高替代道路為例，劉兆玄在花蓮宣布此一重大又具敏感的交通建設，馬英九竟事前不知情，也沒有在第一時間接獲報告，就已隱約透露兩人關係已不像五二○前般的緊密。蘇花高爭議強，連馬英九也不敢貿然答應地方政府請求，因而未列入愛台十二項建設內，即使馬、劉事先曾針對此案討論，並達成共識，劉兆玄也要慎重處理，結果竟是院長宣布，總統看了電視才急電關切。其次，劉兆玄表示優先推動沒有爭議的蘇花高路段，顯示是既定「政策」，總統府卻說只是「構想」，等於當面打了劉兆玄一巴掌，就算馬英九對劉兆玄的信任沒有打折扣，兩人溝通與互動也出了問題。
劉內閣上路初始，突襲式的宣布調漲油價，引爆民怨沸騰，緊接著擴大內需案有違反預算法令之嫌、外交部長歐鴻鍊綠卡風暴、南部淹水等一連串，多事之秋，疲於奔命，號稱沒有新手上路問題的馬政府竟然不堪檢驗，有如紙如虎，一戳就破，馬英九認為這是導致他支持度下滑的主因，劉兆玄還把「馬上好」修正為「馬上漸漸好」，解釋「馬上好」是選舉承諾，言下之意，與政策及實際情勢還有段距離，更讓馬英九尷尬。
繼續不沾鍋黨內很不爽
相對的，劉兆玄也是滿腹牢騷，問題接踵而至，大環境險惡比預期來得嚴重，不管是閣員能力問題，還是政策作業周延與否，他都要一肩挑起，但是要把所有責任全推到他身上，恐怕也未盡公允，其中最大原因之一是馬英九領導問題，一方面沒有把握當選後民意高峰期的黃金時間，展現作為，另一方面卻是在新政府鼻青臉腫之際，退居二線，玩起過去切割、不沾鍋的老把戲來，如何能讓人心服口服。舉例而言，歐鴻鍊綠卡風暴，劉兆玄處理不當，應變無方，難辭其咎，但提拔歐鴻鍊的馬英九，豈無責乎，更要命的是歐還馬綠卡風暴，以為脫詞，十足印證俗話說的上行下效，有樣學樣，即使劉兆玄有心撤換，也要投鼠忌器。
這次卡玫基水災，馬、劉兩人第一時間下鄉勘災，表面上合作無間，就像馬英九誇讚行政院認真努力做了不少事，但府院結構性的問題依舊，許多人都不看好劉兆玄能做多久。同樣的，國民黨立委行使監察院長、副院長與監委跑票，給馬英九一個教訓，不要選舉要黨，選後踢開一邊，雖然稍後在考試院副院長與考委同意權，國民黨立委網開一面，全數過關，給了馬英九面子，但實質的緊張關係還是沒變，國民黨主席吳伯雄以「奇摩子」形容，可說是一語點破現在府、黨的關係。
府黨不等邊引信依舊在
馬英九與黨中央保持距離，可以說是他向來的作風。在他看來，黨是負債，對其形象弊多於利，但想要改革，卻又使不上力，於是最好的辦法成為能切割就切割，卻忘了此一時彼一時也。不管是台北市長任內，還是過度期的黨主席，馬英九一則權力未穩；再則責任有限，可是做了總統後，又是一黨獨大，就要懂得運用權力，而不是有利時攬於己身、不利時畫清於外，久而久之，不引起風暴，才是奇蹟。雖然經過監察院長、副院長與監委的震撼教育後，馬英九做了若干調整，重視黨中央與黨籍立委意見，但是府、黨的權力結構並沒有進行實質的平衡，雙方靠著「奇摩子」來維繫，什麼時候會再出紕漏，無人知曉，吳伯雄領導的國民黨有如一顆不定時炸彈，拆除了一次引信，又得提防下一次可能的引爆。
馬英九現在處境艱險，已不是新聞，大家都等著看他有何通天本領化解，其中最大問題是出在內部，而不是與民進黨的競合。民進黨在蔡英文帶領下，逐漸走出敗選陰霾，但要構成馬英九的威脅，還有段時間，可是現在的馬政府是與時間賽跑，一點都不能馬虎，也不能再出錯，然而馬英九卻開起「姓馬的比較吃虧」玩笑來，復又把本來應該在選後就撤銷選舉訴訟，有助於和解的事情，拖到施政被罵翻天時才慎重其事的宣布，有如天大恩惠般，而且還只做一半，就算他想要藉此轉移民意下滑，改變現況，恐怕是難上加難吧。