2006年8月4日，謝欣霓等人向高檢署查黑中心檢舉，指馬英九台北市長任內首長特別費，疑遭馬英九挪用當成生活費，查黑中心簽分「查字第18號」案，由檢察官侯寬仁負責調查。

11月14日，查黑中心首度傳訊馬英九，訊問特別費案須單據核銷部分為何出現假發票報帳情形。

11月15日，台北市政府科員余文被查出使用他人發票核銷市長特別費，余文接受檢察官訊問後被飭回；檢察官依偽造文書將余文列為被告並限制出境。余文坦承因便宜行事，蒐集他人發票核帳，但絕未將公款挪到私人口袋，也與馬英九無關，余文並向檢方繳出三千多張實際支出的發票原始憑證。

11月22日，國民黨立院黨團透露，馬英九稱檢察官已在日前約談過夫人周美青；檢調人士表示，周美青證稱馬英九市長任內確曾多次捐款給弱勢及公益團體，馬英九帳戶內的款項來源混有薪資、特別費、稿費等，只要檢調逐筆查核帳戶款項進出及受贈單位，即可查明。

11月23日，由於馬英九第一次約談後，大動作再捐出一千多萬元，檢方二次約談馬英九，了解捐款原委。當時馬英九笑笑地說沒事，SAFE。

11月27日，首長特別費案，當時的檢察總長吳英昭邀集二審檢察長開會後，據與會人員透露，對特別費屬性及使用，檢察首長傾向「從寬認定」，所有衍生出的特別費案調查，都將以馬英九案的偵查結果及法律見解，做為指標。

11月29日，法務部長施茂林在參加行政院會時指出，法務部做為行政院法律諮詢，認為首長特別費屬性具「實質補貼」，未用完不需繳庫；查黑中心表示，檢方辦案將視證據情況，法務部或檢察首長意見僅供參考。

12月4日，高檢署檢察長謝文定證實，查黑中心偵辦首長特別費案，為釐清案情需要，已傳訊過主計處官員，了解主管機關對特別費性質的認定。

2007年1月23日，謝文定證實，承辦馬英九特別費案檢察官侯寬仁調台北地檢署辦事，結案時由侯寬仁具名負責，比照陳瑞仁偵辦國務機要費案模式。

2月7日，由於馬英九具狀向檢方要求補充說明，查黑中心三度傳訊馬英九，據相關人士透露，馬英九舉出行政院及法務部相關文件，向檢方表示特別費匯到首長帳戶後，就已非公款，但檢方認為首長特別費屬性，行政院、法務部、監察院等政府部門間的意見不盡一致，將再蒐羅相關見解。

2月13日，歷經七個多月審理，查黑中心偵結馬英九特別費案，認定馬英九報領特別費後存於私帳、沒有實際支出，就已構成貪污，據北檢「96年度偵字第3844號」起訴書，台北地檢署依貪污治罪條例第5條第1款「利用職務機會詐取財物」將馬英九起訴，市府秘書余文被依貪污及偽造文書罪起訴。廖鯉、李克齊、孫振妮、方惠中、張鈞綸等當時的市府員工，獲緩起訴二年的處分。

3月6日，台北地方法院將馬英九特別費案分案，以人工抽籤方式分案，由法官蔡守訓擔任審判長、吳定亞擔任受命法官、徐千惠擔任陪席法官，成員與國務機要費案合議庭相同。

4月3日，台北地院首度開庭，全程採合議制。之後合議庭密集開庭，檢、辯就特別費性質及馬英九是否有主觀犯意攻防。馬律師團分別提出偵查檢察官對馬英九突襲偵查及筆錄不實等疑意。

7月31日，辯論終結當天，公訴檢察官增列論罪法條，將公務背信罪納入，希望合議庭審酌馬英九是否涉及公務背信罪，並依法加重其刑至二分之一。

8月14日，台北地方法院在五個月內將全案審結，一審判決馬英九無罪，全案仍可上訴。綠營痛批司法不公，支持檢方上訴。

整理╱李鴻典