對於野草莓學運，馬英九雖偶有回應，但卻都只是隔空喊話，不願正視。如11月16日晚間應國防醫學院南部校友會之邀，馬英九南下高雄參加餐會，當野草莓學運學生打算當面向馬表達立場時，卻被警方給阻擋在場外，而馬英九面對媒體詢問相關的問題，也只是微笑，不願做任何回應。

對照2004年總統選後，當時國親連宋陣營因質疑三一九槍擊事件，輸不起而發起柔性政變，聚眾凱達格蘭大道前廣場抗議，4月初則有數名學生以無黨派「非藍非綠的學運」做為號召，「要真相，反歧視，拚未來」，在中正紀念堂發起絕食靜坐。後來遭踢爆，原來為首的學生陳政峰與陳信儒兩人，竟是國親背景濃厚的職業學生。陳政峰曾在國民黨革命實踐研究院受訓，在結業典禮中還獲連戰頒獎；陳信儒則是親民黨全國委員會青年代表、連宋全國競選總部文宣部輿情組副召集人。

當時這場藍營有計畫演出的假學運，要求時任總統陳水扁到現場與學生直接對話，並訂出明確時間表，要陳水扁4月9日前到廣場見學生。但陳水扁堅持12日才見，會面因而破局。諷刺的是，這次所謂的學運最後竟因同學們要「應付期中考」結束，這也是他們堅持在９日見阿扁的原因，因為9日以後，各校的期中考就要開始。事實上，4月8日陳政峰就已擬好學運收場的劇本，「要讓同學回去準備期中考」，他們原先的收場劇本是「我們不打算見陳水扁，為了怕外圍群眾不讓我們走，所以打算叫救護車安排陳政峰和陳信儒二人就醫，再由同學與教授發表沉痛聲明，撕爛象徵學運的野百合，之後就閃人」。

雖然立場背景鮮明，但時任台北市長馬英九還特地在4月4日深夜探視這群學生，並質疑前民進黨主席林義雄和十多年前的「野百合學運人士」在靜坐時，都沒有遭到「驅離」的對待。民進黨政府人士過去也以靜坐起家，為什麼在執政之後，就開始剝奪在野人士靜坐的權利？

馬英九說，集會遊行是人民言論自由的一種形式，原則屬於「許可制」，並非「警察特許制」，政府機關應該了解這一點；只有搞清楚法律上的權利義務，才「配」算是一個民主國家。他強調，集會遊行是憲法保障人民的權利，身為市長應該捍衛這個權利，不符合比例原則的驅離，基本上違反集會遊行法，他甚至要求「北市警察對於不符比例原則的命令，應進行申覆，不要盲目服從」。

2006年國親發動罷免陳水扁，因正當性不足未果，7月則有一名輔仁大學學生黎文正發起「民國維新學運」，在中正紀念堂廣場以絕食靜坐方式，要求阿扁下台，當時馬英九也在7月25晚間前往探視，馬還要黎文正注意健康，「因為這是場長期抗爭，不要一次就耗費光了」。而後發現，原來黎文正早已遭退學，只是想藉此爭取媒體曝光以便進入演藝圈。

同年9月，紅衫軍以占據台北城方式要求阿扁下時，當時馬英九不僅要求時任台北市警局長王卓鈞，核准24小時集會遊行，讓紅衫軍就地合法，之後還開放台北車站前廣場長期供倒扁總部使用。馬更是柔情處處，甚至在當年9月14日早上現身凱道倒扁現場送早餐。

持平而論，過去馬英九可以支持政治動機明顯的「假學運」，探視成就個人的「一人絕食秀」，甚至讓紅衫軍「就地合法」。但如今面對真正自發、毫無政黨色彩與政治意圖的野草莓學運，馬英九卻以閃躲代替面對。１１月15日到台中市接受電台專訪時，馬英九更語出驚人表示，「自己曾任教大學18年，台灣學生在高中前競爭力很強，上大學就稍弱；大學生要更用功，要了解外在情況，提升本身的競爭力」，是否暗指現在擁有自由思想的大學生素質很差？倘若馬英九心態真是如此，那也難怪，野草莓學生的訴求，對於貴為總統的馬英九來說，確實沒有聽到的必要。（李鴻典）