台灣與巴紐（巴布亞紐幾內亞）之間的外交掮客獨吞佣金醜聞曝光，引起社會巨大震撼。在此事件中，第一個跳出來自己公布醜聞的行政院副院長邱義仁，已經宣布「退黨，且永遠退出政壇」，卻抵擋不了醜聞悶燒越來越旺、使民進黨大選挫敗之後士氣跌落新低的局面。
國安外交阿扁言聽計從
這件外交掮客醜聞，除了讓台灣納稅人喪失約十億台幣的款項之外，也讓民進黨政府八年執政以來，「唯一的核心高層」邱義仁遭受政治生命最重大的羞辱，且一併損耗包括柯承亨、黃志芳等陳水扁總統八年來深深倚重的國安外交幕僚。邱義仁、柯承亨與黃志芳被指牽涉其中，甚至有可能在最近案情升高，讓只剩下不到十五天任期的陳水扁總統，在下台之前再度遭受重創，「成也邱義仁，敗也邱義仁」，民進黨政權執政八年，在邱義仁的謀略中獲得政權，也同樣在邱義仁的醜聞中黯然淡出。
回顧邱義仁在民進黨政府的角色，可謂「一人之下，萬人之上」，陳水扁總統對邱義仁的所有政治提議，「言聽計從」到令外界訝異的地步。曾經在府院高層與邱義仁有過共事經驗、非新潮流系統的青壯派人士認為，「阿扁這八年以來，是透過邱義仁的眼睛來看這個世界，阿扁缺乏對國際、外交、軍事等事務的認知，也沒有時間和心力自己自修，不像李登輝會找時間自己研究，阿扁都是靠邱義仁所提點的步驟和重點，逐一擘畫民進黨政府的外交與國防思維」。另一位前國防部內幕僚則描述，「邱義仁兩任國安會秘書長，國安會形同另一個國防部，軍方對邱義仁敢怒不敢言，外交部方面的情況，也是差不多。國安會在民進黨八年執政下來，算是太上外交部和太上國防部」。
台美關係幾乎毀於邱手
也有人認為，阿扁讓邱義仁用個人意志掌握國防與外交，除了對邱義仁個人完全的信任、選戰革命情感之外，在執政初期也是因為不信任國民黨系統的外交、國防與國安情治系統人員有關。「因為沒辦法信任國民黨官僚體系的運作，而又沒有辦法找出具體的方法逐步進行體制內革命，只能任由邱義仁用個人意志來操作整個國安機器。」「顯而易見的是，在執政初期，也只有邱義仁和所屬的新潮流系，有完整的人員養成訓練，以及嚴謹的派系紀律與金脈，除了新潮流系之外，在民進黨內，阿扁沒有其他的選擇」。邱義仁一路提拔扁系、新系的青壯派進入國安體系，柯承亨得到邱義仁完全的協助，近幾年負責玉山兵推的青壯派國安會諮詢委員陳文政，也是邱義仁一手提拔而嶄露頭角。
雖然邱義仁得到阿扁百分之百的信任，摒除官僚系統而全力用另類管道「拚外交」，但是這八年來的成就毀譽參半，特別是在邱義仁的手中，台美關係近年來幾乎「毀於一旦」，極力想要拉近台灣、圍堵中國的布希政府，竟然在這段黃金時期，和台灣政府幾近公開決裂，不僅陳水扁總統個人人格、尊嚴受到嚴重傷害，也讓台灣的主權地位因為美國的介入，呈現遠較李登輝時代嚴峻的面貌，邱義仁的外交操作手法，在對美關係的表現，至今還讓長久在外交前線為台灣尋找出路的獨派、海外台派領袖忿忿不平。
短線戰術外交布局失控
外交布局的失控，這次的巴紐掮客佣金醜聞，雖嚴重卻也不是第一次。二○○六年的黎巴嫩秘密外交破局，美國國務院用相當於羞辱台灣政府的態度與扁政府決裂，當時邱義仁也沒有負任何責任。尤其黎巴嫩外交破局，牽涉到一向與邱義仁以及其背後新潮流系人馬交情深厚的特定媒體爆料，也有一定關係。當時前外交部次長高英茂在立法院，語帶不悅的認為「是國安會主導」，言語中對邱義仁有所抱怨，但是陳水扁總統立刻在稍後的媒體茶敘中，幫邱義仁解套，緩頰認為「是由外交部主導，國安會從旁配合」，用「肯定外交團隊的表現」，來幫邱義仁過關，當時的事件發展不了了之，但是阿扁為邱義仁「圍事」的態度，至今仍讓外交圈議論紛紛。
另一件發生在二○○五年初爆發的ＷＴＯ台灣代表處官銜案，台灣朝野各界對ＷＴＯ代表處喪權辱國的表現，幾乎一致痛加韃伐，扁政府酬庸的代表無法捍衛台灣主權地位與尊嚴，在這種氣氛之下，邱義仁卻反而站出來，表示「公使稱謂被拿掉就是喪權辱國，並不以為然」。邱義仁這段談話，在當時也引起外交界人士的深惡痛絕，當時就有長期在外交戰場奮戰的獨派人士認為，「這就是典型的新潮流式思考，李登輝前總統的外交思維，相當重視台灣國際地位的名與實，邱義仁要走自己的路，不講名而自認為講究實際，」回顧當時的官銜案，也可窺見民進黨政府外交思維的炒短線戰術，如今一敗塗地的徵兆。
認知失衡造成外交災難
邱義仁掌握台灣的對美關係主導權，他雖是美國芝加哥大學政治研究所碩士，但是許多美國政界人士都對邱義仁「印象不深」，曾經在邱義仁留學時代與之有過接觸的人士就說，「邱義仁留在美國的時間很短，加起來恐怕沒有一年，所以他的英文能力不好，前美國副國務卿阿米塔吉就曾經親口說過，他聽不懂邱義仁的英文到底在說什麼？」
此外，邱義仁具有左派思想，與多數右派觀點的海外獨派團體不合，掌握台美關係大權之後，幾乎將海外獨派數十年來經營的政商關係圈棄之如敝屣，走自己的路，前國安會副秘書長江春男就曾經感嘆，「台灣的外交決策者，因為早年民進黨的思維，與現今華府主流的鷹派漸行漸遠，這些鷹派人士多數是共和黨保守派，友好的對象是台灣，他們並不清楚台灣的政黨輪替或者朝野對抗，都是為了對抗中國才同情台灣，但是在今天，連這些鷹派的朋友也越來越少」。言下之意，邱義仁的對美關係路線，完全是一場認知觀念失衡的外交災難。邱義仁與有史以來權力最大的美國在台協會台北辦事處處長包道格的交惡，也是台美關係跌落谷底的重要關鍵。邱義仁在包道格任期三年多的時間內，幾乎是關閉所有與在台協會的有效聯繫管道，自尋出路而導致失敗。
無法止血仍有事等著爆
也有黨內的非新系人士認為，「阿扁幫邱義仁多次解套，這個戲碼就宛如當年幫蘇貞昌的逼宮解套，不惜羞辱游錫?的作法一樣，阿扁一方面接受蘇、新系統的凌遲，另一方面卻又不斷的幫這樣的政治勢力解套，除了扁、邱、新這些人『在演雙簧』之外，想不出其他的合理解釋」。邱義仁手創的新潮流系，至今不但是民進黨內唯一擁有完整青壯派族譜的實力派系，更有完整的金脈、人脈與公共關係網路，「新系養媒體記者，養企業金脈和培養年輕世代，有一套完整的戰法」。如今新系青壯派發言，多人試圖將邱義仁「切割出去」，也有人觀察到，「和新系友好的中國時報，寫了幾篇人物特寫，將邱義仁的革命歷程寫得如泣如訴，看起來非常有趣」。
了解新系運作的青壯派人士認為，「新潮流的成員發言，都有嚴謹的設計和紀律，不是每個人都可以跳出來亂講，每個人負責講什麼話，都是事先設計套好的，務求政治損害降到最低，現在遇到邱義仁的事情爆發，先是切割邱義仁，粗魯叫罵的人有之，溫和理性呼籲相信司法的也有之，兩相配合的得天衣無縫，加上友好媒體的聯合包裝，邱義仁不只可以沒事，新潮流系還能保有清譽」。這位人士也認為，「許多人都認為民進黨內派系鬥爭激烈，事實上從事情演變到今天看來，只不過是『新系和反新系』的戰爭，過去八年來新潮流系在民進黨政府裡面製造的怨懟，必須要有宣洩的出口才可以』。
巴紐醜聞案，也讓外界驚覺到，扁政府八年執政，高層官員將支持者與執政理想拋在腦後，競相與前朝官僚、外省權貴私下交往，邱義仁手中的政商地圖，如今因為詐財失控而露出冰山一角，看在獨派陣營、支持者的眼裡，八年來為扁政府抱屈喊冤，如今得到草率騙局的結果。但是還是有前黨中央核心幕僚認為，「別高興太早，現在還沒有跌到最低點，五二○之後，還會有更具破壞性的事情爆發出來，大家要有心理準備」。