苦撐多時的台灣日報，正式在六月六日出版「停刊號」，確定熄燈。從六月初開始，台灣日報因為財務困境，積欠員工薪資已久，台日員工自救會決定從六月一日起發起「怠工」，報社資方宣布暫時停刊四天，在經過數日協調不成，正式於六月六日畫下休止符。

相對於國民黨黨營中央日報於六月一日停刊，享盡主流媒體「不捨、懷念」的光環報導，台灣日報悄悄熄燈，台灣各主流媒體，少有著墨。目前台日資方宣稱，正在「財務重整」階段，有關員工欠薪、訂戶權益等問題，都還沒有正式方案提出，而台日員工自救會，也已經與資方進行長期對抗，時間長達一年，目前雙方依舊沒有共識。

從二○○五年六月初，媒體界就傳出，台灣日報員工有被積欠三個月以上薪資的消息，員工不久之後組成自救會，與資方協調。但是台日資方一直無法找到充足資金溢注，多方尋求新的買主也無結果。許多台日長期忠實讀者，紛紛藉著網際網路本土意識論壇感嘆，獨派媒體越來越少，主流媒體多半有中資介入，即使閱報率不高，還是有充足資金運作。反觀台灣日報，卻因為獨資經營，沒有任何奧援，從台日熄燈的境遇，也可看出獨派媒體在台灣主流媒體生態之下，發聲管道越來越窄的尷尬。在網路上，甚至有網友發起捐錢給台日的提議，用「個人認股」方式幫助台日度過難關，但是也只限於線上談論階段，台日就已經熄燈，讓人唏噓不已。