「原住民民族學院」十月十七日在東華大學掛牌，歷任校長、教育部長和總統都出席與會祝賀。從台灣的社會形勢，一九八０年來出現族群議題普遍化與國際化，國際原住民關懷運動，多元文化論述，與落實憲法原住民條款與原住民教育法等，是直接促成設立民族學院的主要原因。回顧八０年代台灣原住民運動的覺醒，繼九０年代行政院原住民委員會成立，到二００一年原住民民族學院成立，短短不到二十年時間台灣原住民有如此進展，反應台灣社會快速的多元開放腳步，同時也展現了原住民文化的重要性。
原民會曾委託東華大學研究，一九九八年五月提出「原住民教育體制的發展｜民族學苑的規劃」，一九九九年六月又提出「民族學院規劃研究暨設立發展計畫」，計畫中討論沿用中國的「民族學院」，與創立「原住民學院」的差異，最後以考量台灣的特殊歷史背景、豐富的人文資源與配合當下社會環境的思考，尤其是原住民族的教育權，決定成立「原住民學院」，針對族群的歷史、語言、文化、藝術等做保存與紀錄，更就原住民族的發展進行研究發展。
民族學院成立之初，參考中國民族學院的經驗，企畫兼具「民族的學院」與「民族學的院」兩種特色，一方面培養原住民人才與文化發展，另一方面也建立民族學等理論研究。在籌備規劃期間，政大民族學系所與東華大學都極力爭取設置，兩校教授積極參與規劃研究，甚至到中國北京與西南各地民族學院調查研究，也綜合世界各國少數民族教育體制。後來東華大學以校地廣闊和花東原住民文化資源多，加上校長與族群關係與文化所教授積極爭取而獲選定。
從台灣教育史來看，民族學院具有台灣多元文化教育的意義、將教育主體性釋放給原住民和預留民族教育的發展空間，因此在招生上有原住民學生優惠辦法，保障就讀學習機會。民族學院更整合東華大學人文社會科學院的「族群關係與文化研究所」，新設立「民族發展研究所」，大學部的民族文化學系和民族語言與傳播學系，還有兼具民族學苑功能改制的原住民研習中心｜專責原住民在職訓練、民族推廣教育及學術交流活動。
民族學院的發展重點是〈一〉研究民族發展問題與理論。〈二〉培育原住民建設人才。〈三〉提供相關政策諮詢。〈四〉維護與發展原住民族文化。〈五〉在地實踐與服務原鄉。〈六〉國際南島民族研究中心。從台灣本土化的發展脈絡，民族學院的發展是台灣文化藝術發展的關鍵性指標。
阿扁總統是第一個對過去原住民同化政策提出批判與反省的元首，更重要的是他以台灣心台灣石來肯定原住民，這是現代台灣的民主化與自由化的表現。相對，原住民民族學院也承擔了原住民族群與文化發展的重擔，以目前現有的科系規模還不足以肩負如此重任，教育是漫長的培育過程，很難短期內有所表現，如何肩負南島文化研究與學術思想發展，恐怕教育部需要編列更多資源經費在原住民民族學院，目前民族學院的校舍尚未動工，還暫時寄居在圖書館六樓。似乎這一切還有一段漫長的等待。
