陳水扁在「世紀首航」一書中對若干當今政壇人物各有褒貶，對副總統呂秀蓮也第一次表達他的看法，強調副總統就是副總統，不是半個總統，措詞雖然委婉，但立場卻十分堅定。據了解，陳水扁對呂秀蓮一直無法正確釐清副總統角色和定位，「已經忍了很久了」，幾經思考後決定藉由「世紀首航」一書明白而清楚昭告國人及呂秀蓮。 　陳水扁將對副總統的角色和定位是放在「視野的輪替」一章裡，從兩性共治的角度來看，並且盡量使用中性措詞，以減低新書發表後帶來的政治衝擊。不過，從陳水扁在書中表示，他相信「呂副總統是有智慧的人」，「未來她對於角色的認知會越來越清楚，也會越來越有分際」。明顯可以看出他在向呂秀蓮表達兩性共治，和正副總統定位並無關連，副總統不是半個總統。雖然他過去在台北市長任內大量啟用女性首長，也首度挑選女性副總統搭檔參選，執政後內閣也啟用不少女性首長，但這和副總統角色並無關連。因此，一年多來有關陳、呂之間的風風雨雨，陳水扁認為問題出在於呂秀蓮對副總統的「角色認知和溝通不良」。 　相關官員透露，為了釐清副總統的定位，他們多次請教過有關憲法學者，及卸任副總統的看法，得到結論是依照憲法，副總統只是「一個副總統」，並不是「半個總統」。本來，陳水扁期許呂秀蓮能深切了解，並謹守憲法分際，外界自然就不會再拿陳呂關係大作文章。因此，在過去每週固定與呂秀蓮共餐時，陳水扁從未說過這方面重話，但是不斷看到呂秀蓮的表現，「一點也不像副總統，反而像是「半個總統」後，陳水扁才決定要講清楚。 　相關官員表示，陳水扁非常在意此事，因為這是體制問題。因此他並不否認陳水扁有意透過「世紀首航」一書對呂秀蓮「以正視聽」，正告她「只要一切依循憲政、恪遵法制，疑棼自然會煙消雲散，就不容易發生太大衝突」。

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