第六屆立法院第二會期於一月十三日正式休會。由於每一屆立院第二、四、六會期主要工作是進行年度總預算審查，因此被稱為預算會期；但因為本屆第二會期期間，適逢去年年底縣市長選舉，立委多半投入輔選工作，加上朝野持續對決，因此預算審查過程不僅稱不上完善，甚至有些潦草。此外，行政院推出的許多重大議案，也都因為遭到國親質疑爭議性過大，遲遲無法順利立法，不利行政部門運作。
重大法案 多遭封殺
一月十日中午，本會期最後一次程序委員會，排定了十一日、十二日、十三日加開院會議程。程委會最後依日前朝野協商達成共識通過決議，將勞保局組織條例修正案、中央行政機關組織法修正案、行政院組織法修正案、行政院組織調整暫行條例、九十五年度中央政府總預算案、離島建設條例修正案、通訊保障及監察法修正案、公職人員選罷法修正案、所得稅法修正案、勞退金監理會設置條例等，排入院會討論事項議程。此外，取消軍教免稅的所得稅法修正案、菸害防制法也列入院會討論事項議程。不過，除了少數特定議案外，多數法案都因朝野共識度不高，是否能順利三讀，仍有變數。
另一方面，包括監委同意權案、軍購案、公民投票法修正案、黨產條例、國土復育條例、公教人員退職退休給與併計黨務人員年資處理條例等議案都遭國親聯手封殺，無法列入院會報告事項議程，這會期確定過關無望。其中，公投法修正案已遭封殺十九次，而攸關人民生命安全的國土復育條例慘遭封殺十六次；監委同意權案也遭封殺二十七次。此外，有關追討國民黨不當取得黨產的黨產條例，行政院版目前遭到封殺十餘次，民進黨團及台聯黨團版相關提案也雙雙被封殺近二十次。而備受爭議的軍購案，更被封殺高達四十五次。另一方面，攸關選區劃分的地方制度法也遭封殺十九次。
馬軍質疑 老王放水
在總預算審查方面，日前馬團隊立委吳育昇、賴士葆等人質疑與陳總統互動頻繁、主持預算協商的立法院長王金平護航、放水；為此，王金平連日公開澄清表示，總預算案現階段是朝野黨團協商，不是個別立委的協商，如有必要，協商時也都儘量請提案立委到場說明，由於提案眾多、時間有限，還要說明、辯論，協商了十幾天時間都還不夠，如要所有提案立委都到場，光說明就不夠時間了。「有些人的看法太離譜，不食人間煙火，也太好笑了」。
朝野經多日協商後，立法院十日完成第二輪總預算案協商，王金平表示，總預算刪減幅度還無精確數字，但包含軍購案相關預算部分，粗估約刪減新台幣四百億元左右，「這是民進黨執政以來刪減幅度最高的一次」。
至於必須於十二日院會表決則有約近三十案，包括國親黨團提案，三項軍購案相關預算全數刪除，綠營主張照列，將到院會分項表決；國民黨團提案行政院預算在蘇花高速公路動工前，應全數凍結。而初審時遭藍營大砍四億多元的陸委會預算，民進黨提案全數恢復；親民黨則提案，陸委會預算刪減六千萬元，其餘凍結二分之一。此外，藍營不滿銓敘部堅持執行「公務人員退休所得合理化改革方案」，提案全數凍結銓敘部除人員維持費，及公務人員退休撫卹給付外的預算。藍營也提案刪減二次金改金控銀行的釋股收入四百零二億元，綠營不接受；而國親在初審時，刪除新聞局長待遇二十八萬餘元，民進黨也提案恢復。台聯提案要表決的，包括蒙藏委員會預算一億五千餘萬元刪至剩一千元，及全數刪除湖山水庫計畫四億五千萬元等，都必須在院會表決。
預算刪砍 針對性強
王金平表示，如果刪除蒙藏委員會預算的提案通過，蒙藏委員會可能面臨裁撤，刪減幅度將會最大，不過，國親將力保。至於台灣省政府的預算，王金平指出，省府預算將由七億元刪至剩一億元，不過至少省政府起碼還有若干的基本維持費和人事費。
總統府預算方面，王金平說，五千萬元的總統府國務機要費朝野達成共識刪減三成，將減列為三千五百萬元。總統府音樂會原編列兩百八十八萬元預算，刪減至一百萬元。國安會預算部分原本協商可能要刪減一千萬元，但包括總統府代理秘書長馬永成及民進黨立委等都一再拜託，最後，刪減八百萬元。而國科會預算部分，由於在野黨堅持，刪減幅度不小，王金平指出，朝野共識刪減二十二億元，其中有約十八億兩千元是指定項目。
對於藍營大砍預算，民進黨立院黨團幹事長賴清德表示，今年中央政府總預算案是刪減幅度最大的一次，不包括將近三十個待表決的議案，粗估計被刪四百億元，各部會均無一倖免，且都有預算被凍結。包括新聞局、國安會、陸委會、總統府國務機要費都遭大幅刪減，這次預算刪減「針對性很強」。他強調，在野黨有責任，讓經濟、民生法案與預算過關，但很遺憾在審查過程中，在野黨情緒性的、不理性的對抗，最後變成全民承擔，對國家、社會發展傷害很大。
百般刁難 乏善可陳
一整個會期下來，經常參與預算協商的民進黨籍立委管碧玲不諱言，立院表現還是延續近年來表現︱乏善可陳，她以自己駐守的教育委員會為例指出，泛藍在教育委員會中審查預算的方式就是極度不理性，對於行政部門高度的不信任，不是大量刪除就是大量凍結。還有很多預算是先經過凍結，然後要求官員到委員會中報告，才肯解凍，是柔性杯葛，但是在聆聽報告的過程中，卻又是意興闌珊，羞辱官員的意味濃厚，根本就是用政治凌駕專業，一心耍權威，這就是「立法權侵犯行政權」的表現，嚴重遲緩、拖垮行政部門的運作。
而對於這陣子馬團隊立委質疑王金平在總預算審查中替政府護航，管碧玲則表示，「哪來護航？」因為總預算還是被刪得一塌糊塗；她指出，因為泛藍在審查總預算時，是刪紅了眼，王金平最多只是拉回來一點。她也說，馬團隊立委是趁機修理王金平，企圖切割王金平在國民黨內的地位，「馬英九心胸真的太狹隘了」。